医学影像学（放射医学）。广州文件夹

Question

我正在尝试实施该方案：

https://pyradiomics.readthedocs.io/en/latest/usage.html

它看起来非常简单，但是他们需要.nrrd文件。 我的文件。广州.我如何解决这个问题？ 还有，有没有人尝试在TCIA数据上应用吡喃组学？如果可以，我可以看看你的github或Jupyter笔记本吗？在

非常感谢。在

Answer 1

您可以先将NII转换为numpy数组，然后使用以下命令将其转换为NRRD：

nrrd和nibabel

import numpy as np
import nibabel as nib
import nrrd

# Download NII
example_filename = "image.nii.gz"
image = nib.load(example_filename)

# Turn into numpy array
array = np.array(img.dataobj)

# Save NRRD
nrrd_path_to = "image.nrrd"
nrrd.write(image_path_to, array)

Answer 2

DWIConverter[1]将DICOM系列中的扩散加权MR图像[2]转换为nrrd格式，以便在切片器中进行分析。它解析DICOM报头以提取有关测量帧、扩散加权方向、b值等的必要信息，并写出nrrd图像。对于非扩散加权的DICOM图像，它加载整个DICOM系列，并在.nhdr/.raw对中写出一个DICOM卷。在

所以你要改变你的。广州使用此工具可以在nrrd格式的DICOM文件中使用。另外，您可以看看SlicerDMRI[3]，它是一个类似的模块。在

[1]詹森、安德鲁p.和克里斯托弗·布特森。”使用交互式、患者特定模型，靶向神经纤维束进行深部脑刺激治疗。”可视化实验杂志：JoVE 138（2018）。在

[2]Ordidge，Roger J.等人。”使用导航回波校正扩散加权磁共振图像中的运动伪影〉，《磁共振成像》12.3（1994）：455-460。在

[3]伊赛亚·诺顿、瓦利德·伊本·埃萨伊德、张帆、索尼娅·普约尔、亚历克斯·亚马尔科维奇、亚历山德拉·J·戈尔比、戈登·金德曼、德米安·瓦瑟曼、劳尔·圣何塞·埃斯特帕、约格什·拉蒂、史蒂夫·皮尔、罗恩·基基基基基尼斯、汉斯·J·约翰逊、卡尔·弗雷德里克·威斯汀和劳伦·J·奥唐纳。SlicerDMRI：用于脑癌研究的开源扩散MRI软件。癌症研究77（21），e101-E1032017。在

Answer 3

虽然示例在.nrrd中，但是PyRadiomics使用SimpleITK进行图像操作。这使得PyRadiomics能够支持一系列图像格式，包括。广州. 你不必转换它们。在