迭代BLAST寻找同源基因

Question

我是编程新手，在过去的几周里，我一直在研究一个生物信息学问题，进展非常有限。在

用一个大的同源基因序列来识别所有的同源基因（“1”=存在，“0”=不存在。有人告诉我，一个交互式的all vs all BLAST更新文件中的所有同源性/正交性，然后从数据库中删除这些内容，并重复该过程，直到无法执行更多相关的BLAST搜索，这可能是一种方法，但尽管我努力了，我还是不知道如何做到这一点。在可能的情况下，我希望在Python和/或Unix/Linux中执行此操作。在

谁能帮忙吗？在

例如：

如果我有3个生物体和4个基因，如果BLAST结果显示基因_1存在于生物体_1和2中；基因_2存在于所有生物体中，基因_3只存在于生物体_1中，基因_4只存在于生物体_3中。在

    Gene_1  Gene_2  Gene_3  Gene_4
Org_1   1       1       1       0       
Org_2   1       1       0       0
Org_3   0       1       0       1

Answer 1

如果我理解正确，您需要获得以下信息：

-哪些是同源/同源基因

-在威奇物种中

有一个程序，几乎可以完成所有这些，让我给你介绍一下SiLiX

http://lbbe.univ-lyon1.fr/SiLiX

你可以下载它并将其参数化为你的95%身份，你“给它”的结果，你的所有反对所有爆炸。你会得到一个包含你想要的信息的文件！在

该文件很容易解析（尤其是在python中），因此您可以从中提取所需的所有信息。所以你可以从中创建矩阵。在