如何安装没有根权限的python包？

Question

我正在用numpy/scipy/pynest在Mac OS X上做一些计算研究。为了提高性能，我们从我们大学租了一个400节点的集群（使用Linux），这样任务就可以并行完成。问题是我们不允许在集群上安装任何额外的包（没有sudo或任何安装工具），它们只提供原始的python本身。

那么我如何在集群上运行我的脚本呢？有没有办法集成这些模块（numpy和scipy也有一些编译过的二进制文件，我认为）以便在不安装包的情况下对其进行解释和执行？

Answer 1

您可以通过调用以下命令从任意路径导入模块：

sys.path.append()

Answer 2

可以通过virtualenv包创建虚拟环境。

这将创建一个文件夹（比如venv），其中包含Python可执行文件的新副本和一个新的site-packages目录，您可以在其中“安装”任意数量的包，而无需任何管理访问。因此，通过source venv/bin/activate激活环境将为Python提供一个与安装这些包等效的环境。

我知道这适用于SGE集群，不过虚拟环境的激活方式可能取决于集群的配置。

您可以尝试使用以下步骤在自己的站点包目录中的集群上安装virtualenv：

1. 从here下载virtualenv，将其放到集群中

2. 使用setup.py将其安装到特定的本地目录，作为您自己的网站包：

   python setup.py build
   python setup.py install --install-base /path/to/local-site-packages
   

3. 将该目录添加到PYTHONPATH：

   export PYTHONPATH="/path/to/local-site-packages:${PYTHONPATH}"
   

4. 创建virtualenv：

   virtualenv venv
   

Answer 3

在主目录中安装包不需要根权限。你可以通过一个命令来完成，比如

pip install --user numpy

或来源

python setup.py install --user

见https://stackoverflow.com/a/7143496/284795

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第一种选择更方便，因此如果服务器没有pip或easy_install，您应该礼貌地要求管理员添加它，并向他们解释其好处（他们不会再被个别包的请求所困扰）。