如何将参数传递给Python用户定义函数内部的正则表达式？

Question

假设我有一个字符串，比如：

'ttagtagttattctctttgattgtgtgagagagacatccttacggtcagaactcgatcgtgtgactctagca'

我想用一个正则表达式关于芬德尔定位3个条目的任何实例（例如TTA或GTT）。在

这样的子函数怎么可能被用户定义为传递呢？在

我试过的是这样的：

def finder(sequence, codons):
    Y = re.findall(r'codons',sequence)
    return Y 

然而，当我试图在我上面给出的字符串上调用这个函数时，我使用了一些密码子的输入，比如'TTA'，我得到的只是一个空列表。。。在

我认为这个列表是空的，因为在我函数的正则表达式中，“密码子”位于r旁边的引号内。有没有一种方法可以绕过这个方法将某些内容传递给正则表达式？在

Answer 1

您正在尝试匹配字符串"codons"，而不是变量参数。试试这个：

def finder(sequence, codons):
   return re.findall(codons, sequence)

Answer 2

您的问题（使用python 3+）：

# codon_search.py
import re

def finder(codon, fullseq):
    matched = re.findall(codon, fullseq)
    print (matched) 

sequence = "TTATGACGTTATTCTACTTTGATTGTGCGAGACAATGCTACCTTACCGGTCGGAAC"
search_str = "TTA"

#call function
finder(search_str, sequence)

---

输出：将在上述序列中找到3个匹配项

^{pr2}$