将核苷酸序列转换为氨基酸序列

Question

我有一个脚本，它使用基因的位置和链信息（补体，正向）来提取核苷酸序列。提取后，脚本使用翻译表和密码子起始位置将核苷酸序列转换为氨基酸序列，并将其与原始氨基酸序列进行比较。理论上，他们应该匹配，但我还没有找到匹配的。在

作为一个例子，我将使用这个E.coligenbank文件：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AB011549从第396行开始，如下所示：

CDS         complement(25341..26294)
/gene="repFIB"
/note="Replication protein RepFIB (P307 replicon);
similar to PIR accession number A32310"
/codon_start=1
/transl_table=11
/product="RepFIB"
/protein_id="BAA31780.2"
/db_xref="GI:4589743"
/translation="MTLTPNNNNTVQPVALMRLGVFVPTLKSLKNSKKNTLSRTDATEELTRLSLARAEGFDKVEITGPRLDMDNDFKTWVGIIHSFARHNVIGDKVELPFVEFAKLCGIPSSQSSRRLRERISPSLKRIAGTVISFSRTDEKHTREYITHLVQSAYYDTERDIVQLQADPRLFELYQFDRKVLLQLKAINALKRRESAQALYTFIESLPRDPAPVSLARLRARLNLKSPVFSQNQTVRRAMEQLREIGYLDYTEIQRGRTKLFCIHYRRPRLKAPNDESKENPLPPSPAEKVSPEMAEKLALLEKLGITLDDLEKLFKSR"

这说明翻译表是#11，基因从25341位开始到26294位，基因来自补体链，实际的氨基酸序列是最后一个条目（例如，/translation）。在

^{pr2}$

请注意，我的脚本查看以下内容：前向串（.translate（table=11））、补码串（.complement（）.translate（table=11）），以及反向补码（*.reverse_completion（）.translate（table=11））。在

尽管genbank文件指出基因从25341位开始，在1位有一个开放的阅读框（例如，密码子_start=1），但我检查了从-2，-1，0（这是原始起始位置），+1，+2…开始的三个翻译，我仍然找不到互补链的匹配。然而，这个脚本确实适用于前向的核苷酸链（参见最后几行使用不同编码序列的信息）。在

以下是我的输出：

/usr/local/anaconda3/lib/python3.4/site-packages/Bio/Seq.py:2041: BiopythonWarning: Partial codon, len(sequence) not a multiple of three. Explicitly trim the sequence or add trailing N before translation. This may become an error in future. BiopythonWarning)
-2
-1
0
1
2
-2 #starting over using different CDS (forward)
-1
match
-1 MLLALLSSTDNFCLSSTELSERLDVSRTYITRACDSLEKFGFIKRMESKEDRRSKNIYLTSDGNLYLQRTTRIYGRYLKKYGATLQMMKSKHL

所以，把一个前链核苷酸序列转换成一个匹配的氨基酸序列是可行的，但是补体没有，我也不知道为什么（这很可能是我在Biopython中犯的一个错误）。有谁能提供一些关于我所做的错误和我如何改正它的见解？在

关于核苷酸如何转化为氨基酸的简要说明：密码子/氨基酸由三个核苷酸组成。看这里的氨基酸图：How to complete getting substrings of a genome encoding a given amino acid sequence 如果我的核苷酸序列是GCG，从圆圈的中心开始，一直到边缘，G（内圈）C（中环）G（外圈）对应丙氨酸（A）。在

Answer 1

我有点不好意思地说，问题不是我的代码，而是我的解释。CDS特性（例如CDS补码（xx…xxxx））可能来自补码串，但我不需要先转换它（例如，reverse_completion（），completion（））。我只需直接翻译（例如，translate（表=11））。在

第一个或最后一个氨基酸可能有一些问题（如评论中所述），但大多数情况下，问题解决了。在