如何从fasta文件中删除第一行?

2024-06-07 22:02:43 发布

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fasta文件的结构如下:

>gi|568815364|ref|NT_077402.3| Homo sapiens chromosome 1 genomic scaffold, GRCh38 Primary Assembly HSCHR1_CTG1
TAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAAC
CCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAA
CCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTAACCCT
AACCCTAACCCTAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAAACCCTAAACCCTAACCCTAACCCTAACCCTA
ACCCTAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCCAACCCTAACCCCTAACCCTAACCCTAACC

第一行是有关文件内容的一些信息,其余的行是DNA、RNA或氨基酸链。 要处理这种文件,我需要删除文件的第一行。如何使用python实现这一点? 我试过这个代码,但不适合:

^{pr2}$

Tags: 文件refassembly结构fastascaffoldprimaryhomo
2条回答

您可以使用next来高级指向下一行的指针:

my_string = open("SimpleFsastaFile.fa", "r")
next(my_string)                  # advanced file pointer to next line
my_string.read()

如果您需要整个文件的内容,为什么不一次读取所有行并立即切掉第一行?在

with open('path','r') as f:
    content = f.readlines()[1:]
output="".join(content)

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