如何从.h5文件中提取数据并将其正确保存为.txt或.csv？

Question

在搜索了很多之后，我找不到一种简单的方法来从.h5中提取数据，并通过Numpy或Pandas将其传递到.txt或.csv文件中。在

import h5py
import numpy as np
import pandas as pd

filename = 'D:\data.h5'
f = h5py.File(filename, 'r')

# List all groups
print("Keys: %s" % f.keys())
a_group_key = list(f.keys())[0]

# Get the data
data = list(f[a_group_key])
pd.DataFrame(data).to_csv("hi.csv")

^{pr2}$

打印数据时，我看到以下结果：

print(data)

['axis0',
 'axis1',
 'block0_items',
 'block0_values',
 'block1_items',
 'block1_values']

如果有人向我解释一下他们是什么，以及我如何能够完全提取数据并将其保存在.csv文件中，我将不胜感激。似乎还没有一个常规的方法来做到这一点，这是有点挑战性的！到目前为止，我只能通过以下方式查看部分数据：

import numpy as np 
dfm = np.fromfile('D:\data.h5', dtype=float)
print (dfm.shape)
print(dfm[5:])

dfm=pd.to_csv('train.csv')
#dfm.to_csv('hi.csv', sep=',', header=None, index=None)

我的期望是在.h5文件中提取时间戳和测量值。在

Answer 1

h5py将以numpy数组的形式访问HDF5数据集。获取键的调用返回数据集名称的列表。现在已经有了它们，将它们作为numpy数组访问并编写它们应该非常简单。您需要让dtype知道每个列中的内容才能正确格式化。在

更新于2019年5月22日以反映在评论链接上发布的data.h5的内容。 np.savetxt()中的默认格式是'%.18e'。提供了非常简单（粗糙）的逻辑，用于根据这些数据集的数据类型修改格式。这就需要更健壮的数据类型检查和格式化，以供一般使用。此外，还需要添加逻辑来解码unicode字符串。在

import h5py
filename = 'D:\data.h5'
import numpy as np
h5f = h5py.File(filename, 'r')
# get a List of data sets in group 'dd48'
a_dset_keys = list(h5f['dd48'].keys())

# Get the data
for dset in a_dset_keys :
    ds_data = (h5f['dd48'][dset])
    print ('dataset=', dset)
    print (ds_data.dtype)
    if ds_data.dtype == 'float64' :
        csvfmt = '%.18e'
    elif ds_data.dtype == 'int64' :
        csvfmt = '%.10d'
    else:
        csvfmt = '%s'
    np.savetxt('output_'+dset+'.csv', ds_data, fmt=csvfmt, delimiter=',')

Answer 2

数据似乎是由Pandas编写的，所以使用pd.read_hdf()来读取它。在