Bioython，如何从.fasta转换为.aln以进行clustal对齐？

Question

我有一个.fasta文件，我想把它转换成.aln，这样它就可以与对齐.read命令或者以某种方式给我的fasta文件“Clustal Headers”，因为当我使用fasta文件时，它只是输出一个未知的Clustal头文件，“ClustalwCommandline”返回是否应该这样做，因为在教程中它说回到克莱恩，只打印克莱恩，不知道该怎么处理克莱恩

在编辑：-同时我应该输出一个.dnd文件，但也不确定如何输出

Answer 1

您不需要手动转换任何内容，例如，如果您遵循以下代码：

>>> from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline

导入ClustalwCommandline后，您可以指定对齐文件的名称，cline是一个命令，正在下面的行中构造：

^{pr2}$

现在，当您编写下一行时，cline（）运行上面构造的命令，并分别将输出和错误消息返回给stdout和{}变量。如果您打印stdout和stderr，您将发现stdout正在打印与对齐相关的内容，并且由于上面的命令没有错误，stderr如果打印该命令，stderr将不显示任何内容。同时，在名为opuntia1.aln的输出文件中，文件现在包含对齐方式。打开这个aln文件；您应该可以看到对齐方式。在

>>> stdout, stderr = cline()
>>>
>>> print stdout

 CLUSTAL 2.1 Multiple Sequence Alignments


Sequence format is Pearson
Sequence 1: CDS         1574 bp
Sequence 2: EST          723 bp
Start of Pairwise alignments
Aligning...

Sequences (1:2) Aligned. Score:  9
Guide tree file created:   [opuntia1.dnd]

There are 1 groups
Start of Multiple Alignment

Aligning...
Group 1:                     Delayed
Alignment Score 490

CLUSTAL-Alignment file created  [opuntia1.aln]


>>> print stderr

对于.dnd文件，不需要指定输出文件，运行代码后的默认文件将从fasta文件创建一个dnd文件。以下是直接引述：

By default ClustalW will generate an alignment and guide tree file with names based on the input FASTA file, in this case opuntia.aln and opuntia.dnd, but you can override this or make it explicit

来源：http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec89

希望有帮助，干杯！在