编辑:我现在收到一条不同的错误消息,通过将第9行替换为:对于索引,枚举中的y(原始共晶体标签[x]),修复了初始问题:
然而,现在我收到另一个错误,说“索引34超出了大小为34的轴0的界限”
我目前正在开发一种机器学习算法,以帮助预测共晶的形成,这将有助于制药行业。我对代码的了解有限,因为我本质上是一名化学家,使用代码来提高我的学习水平。任何帮助都将不胜感激
我正在使用spyder来实现这一点,但是我得到了上面列出的错误,我不知道为什么它会给我一个值范围,而脚本中定义的唯一范围是[x,y]。我知道如果范围是1-5,它在python上表示为[0,1,2,3,4],所以我不确定从这里开始。代码如下。完整的错误消息如下所示:
“文件”C:\Users\cianm.spyder-py3\这是您想要的.py文件”,第278行,运行外部测试中 列描述附加(共晶体描述[x,y]) 索引器:索引20超出轴1的范围,大小为20“
'''def Run_SVM_on_external_test(cocrystal_descrs, test_descrs, original_cocrystal_labels):
number_of_columns = len(original_cocrystal_labels)
column_indices = np.arange(number_of_columns)
train_descrs = []
train_labels = []
#For each column of APIs, add the descriptors to the training set of descriptors if the
outcome of the experiment is known (not 2)
for x in column_indices:
for y in range(len(original_cocrystal_labels[x])):
if original_cocrystal_labels[x, y] != 2:
train_descrs.append(cocrystal_descrs[x, y])
train_labels.append(original_cocrystal_labels[x, y])
-描述符是rdkit(化学信息工具)中定义的分子间的相互作用 -API=活性药物成分
提前感谢您,我们很乐意提供更多信息
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