来自bioservices uniprot的PTM数据

Question

我想通过bioservices从Uniprot检索翻译后修改（PTM）数据，我使用以下脚本：

from bioservices import uniprot

u = uniprot.UniProt()

ptm = u.search("P38903", frmt="xls", include=True, columns="features")

并取得以下成果：

u'Features\nChain (1); Compositional bias (5); Modified residue (2); Sequence conflict (3)\n'

我想要的是“改性残基（2）”的详细信息，即这些是什么类型的改性，以及位置（可选）参考

Answer 1

如果您希望获得特征（修改后的残留物）列，请按如下方式提供其名称：

from bioservices import UniProt
u = UniProt()
ptm = u.search("P38903",frmt ="xls", include =True, columns="feature(MODIFIED RESIDUE)")

刚用1.7.5版测试过

免责声明：我是《生物服务》的主要作者

Answer 2

简单的回答是：生物服务无法做到这一点。它不支持隐藏信息的列值^{}

但是您可以使用Uniprot API获取信息。下面的Python3代码片段为您提供了所需的信息：

import urllib.request
with urllib.request.urlopen('http://www.uniprot.org/uniprot/?query=P38903&format=tab&columns=feature(MODIFIED%20RESIDUE)') as response:
    mod_res = response.read().decode()

residues = mod_res.split('\n')[1].split(';')
for residue in residues:
    print(residue.strip())

输出：

MOD_RES 242 242 Phosphothreonine. {ECO:0000244|PubMed:17330950}.

MOD_RES 257 257 Phosphothreonine. {ECO:0000244|PubMed:18407956}.