Biopython,我怎么打印序列的文本?

2024-05-29 07:50:13 发布

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我想把序列列表放在csv中,但是所有内容都返回为“seq(‘DNA序列’)”。如何仅打印NT序列

primers = [Seq("CCGCGTTACATAGCATCGTACGCGTACG"),Seq("TGTTTGGTCCTGCCGGCCCTGCCTCAGCCGGATCCATGGTGAGCAAGGG")] # list is made in another function
print(primers)# Prints as "[Seq('CCGCGTTACATAGCATCGTACGCGTACG'), Seq('TGTTTGGTCCTGCCGGCCCTGCCTCAGCCGGATCCATGGTGAGCAAGGG')]"

Tags: csvin内容列表is序列seqlist
1条回答
网友
1楼 · 发布于 2024-05-29 07:50:13

打印Seq()对象列表将返回repr()表示,而不是str()表示。解决方案是转换为str()或单独打印每个Seq()对象:

>>> from Bio.Seq import Seq
>>> s = Seq("CCG")
>>> print(s)
CCG
>>> print([s])
[Seq('CCG')]
>>> print(repr(s))
Seq('CCG')
>>> print(repr(str(s)))
'CCG'
>>> print([str(s)])
['CCG']
>>> print(list(map(str,[s, s])))
['CCG', 'CCG']

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