Python中文
首页
教程
问答
标签
搜索
登录
注册
从bam文件中提取行
回答此问题可获得
20
贡献值,回答如果被采纳可获得
50
分。
<p>我有一个bam文件,如下所示:</p> <pre><code>samtools view pingpon.forward.bam | head K00311:84:HYCNTBBXX:1:1123:2909:4215 0 LQNS02000001.1:55-552 214 28M * 0 0 TCTAGTTCAACTGTAAATCATCCTGCCC AAFFFJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJ AS:i:-6 XS:i:-6 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:1 MD:Z:9T18 YT:Z:UU K00311:84:HYCNTBBXX:1:1123:2909:4215 0 LQNS02000001.1:55-552 214 28M * 0 0 TCTAGTTCAACTGTAAATCATCCTGCCC AAFFFJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJ AS:i:-6 XS:i:-6 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:1 MD:Z:9T18 YT:Z:UU K00311:84:HYCNTBBXX:1:1123:2909:4215 0 LQNS02000001.1:55-552 214 28M * 0 0 TCTAGTTCAACTGTAAATCATCCTGCCC AAFFFJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJ AS:i:-6 XS:i:-6 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:1 MD:Z:9T18 YT:Z:UU K00311:84:HYCNTBBXX:1:1123:2909:4215 0 LQNS02000001.1:55-552 214 28M * 0 0 TCTAGTTCAACTGTAAATCATCCTGCCC AAFFFJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJ AS:i:-6 XS:i:-6 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:1 MD:Z:9T18 YT:Z:UU K00311:84:HYCNTBBXX:1:1123:2909:4215 0 LQNS02000001.1:55-552 214 28M * 0 0 TCTAGTTCAACTGTAAATCATCCTGCCC AAFFFJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJ AS:i:-6 XS:i:-6 XN:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 NM:i:1 MD:Z:9T18 YT:Z:UU </code></pre> <p>我还有另一个文件,其中包含我感兴趣的ID,如下所示:</p> <pre><code>K00311:84:HYCNTBBXX:1:2223:15798:5692 K00311:84:HYCNTBBXX:2:2211:11414:30696 K00311:84:HYCNTBBXX:2:2223:28879:41581 </code></pre> <p>理想情况下,我希望从bam文件中提取以IDs文件中的IDs开头的行。目前我正在使用我编写的代码,但它不起作用。任何帮助都将不胜感激!谢谢</p> <pre><code>import pysam import re forward = pysam.AlignmentFile('pingpon.forward.bam', "rb") reverse = pysam.AlignmentFile('pingpon.reverse.bam', "rb") ids = open("IDs_results_bed_reverse.txt", "w") for line in reverse: if re.match("(.*)(I|i)ds(.*)", line): print(line) </code></pre>
0 条评论
分类:
Python问答
请先
登录
后评论
默认排序
时间排序
1 个回答
匿名
1天前
擅长:python、mysql、java
<p><a href="https://www.biostars.org/p/165090/" rel="nofollow noreferrer">https://www.biostars.org/p/165090/</a> 有人问了一个类似的问题,在这里得到了回答</p>
请先
登录
后评论
针对此问题:
更多的回答
关注
89
关注
收藏
1
收藏,
216
浏览
网友 提问于 2天前
相关Python问题
使用urllib2进行Web抓取
1 回答
使用urllib2进行Web报废
3 回答
使用urllib2进行简单https身份验证时出现问题(用于获取PayPal OAUTH承载令牌)
4 回答
使用urllib2进行节流
3 回答
使用urllib2远程读取pdf
7 回答
使用urllib2通过flask发送图像
7 回答
使用urllib2通过对等错误重置连接
2 回答
使用urllib2避免503个错误
8 回答
使用urllib2音调符号打开页面
2 回答
使用urllib3 UnicodeDecodeError上载文件
8 回答
使用urllib3.PoolManag时看到ClosedPoolError
5 回答
使用urllib3下载文件的最佳方式是什么
2 回答
使用urllib3下载网页
9 回答
使用urllib3忽略证书验证
9 回答
使用urllib3时的ssl.SSLError
4 回答
使用urllib3的TLS1.1的HTTP GET网站
6 回答
使用urllib3获取JSON d
5 回答
使用urllib3解析来自httpget请求的XML响应
3 回答
使用urllib3进行HTTPS调用时,请使用服务器的ssl证书而不是根CA证书
2 回答
使用urllib3进行多部分表单编码和发布
2 回答