RStudio发现了Python-pyenv安装,但我无法运行Python进程

2024-06-08 04:15:53 发布

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我正在尝试在RStudio中运行Python。我已经通过pyenv安装了python3.8.5,并在我的Rstudio项目文件夹中使用pyenv-virtualenv(我称之为venv-Rstudio)创建了一个虚拟环境。根据here给出的说明,我想我已经正确地向RStudio指示了要使用哪种Python环境:

>Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON="/Users/my_username/.pyenv/versions/venv-Rstudio/bin/python")
> py_discover_config()
python:         /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/envs/venv-Rstudio/bin/python
libpython:      [NOT FOUND]
pythonhome:     /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5:/Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5
version:        3.8.5 (default, Oct  1 2020, 21:50:37)  [Clang 12.0.0 (clang-1200.0.32.2)]
numpy:          /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/envs/venv-Rstudio/lib/python3.8/site-packages/numpy
numpy_version:  1.18.5

尝试调用Python时,出现以下错误:

> py_config()
Error: Python shared library not found, Python bindings not loaded.
Use reticulate::install_miniconda() if you'd like to install a Miniconda Python environment.

我怀疑这与上面看到的libpython: [NOT FOUND]有关,但我已确保在venv Rstudio虚拟环境中安装了libpython:

(venv-Rstudio) my_username@MBP15 Rstudio % pip list
Package                Version
---------------------- ---------
...
Keras                  2.4.3
Keras-Preprocessing    1.1.2
libpython              0.2
Markdown               3.2.2
multidict              4.7.6
numpy                  1.18.5
...

有什么想法我可能会错过,以及如何修复这个?我正在运行macOS 10.15.7 Catalina,RStudio 1.3和R版本4.0.2


Tags: pynumpyconfigpyenvbinvenvmy虚拟环境
1条回答
网友
1楼 · 发布于 2024-06-08 04:15:53

在发布我的问题后,this question出现在相关列表中,this answer由@nucholab解决了我的问题。简而言之,使用以下命令使用pyenv重新安装Python可启用可共享库:

env PYTHON_CONFIGURE_OPTS=" enable-shared" pyenv install 3.8.5 

在这之后,重新创建我的虚拟环境(并记录在案,安装numpy),在RStudio中加载Python可以正常工作:

> py_config()
python:         /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/envs/venv-Rstudio/bin/python
libpython:      /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/lib/libpython3.8.dylib
pythonhome:     /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5:/Users/andreas/.pyenv/versions/3.8.5
version:        3.8.5 (default, Oct  2 2020, 13:54:11)  [Clang 12.0.0 (clang-1200.0.32.2)]
numpy:          /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/envs/venv-Rstudio/lib/python3.8/site-packages/numpy
numpy_version:  1.19.2
tensorflow:     [NOT FOUND]

NOTE: Python version was forced by RETICULATE_PYTHON

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