为什么我的jupyter内核在导入numpy时在虚拟环境中运行时死亡？

Question

我正在使用conda设置的虚拟环境中工作。我想做的是打开一个新的Jupyter笔记本，使用这个虚拟环境在笔记本中工作。然而，我认为我在虚拟环境中缺少了一些必要的包

当我从终端启动Jupyter笔记本（目前使用OSX 10.13.6）时，我可以在屏幕右上角的新建按钮中看到使用Python（virtualEnvironment）打开新笔记本的选项

当我以Python（virtualEnvironment）打开一个新笔记本时，一切看起来都很好，因此我尝试在第一个单元格中运行以下内容：

import numpy as np

我在Jupyter中以弹出窗口的形式收到以下错误消息：

Kernal restarting: The kernel appears to have died. It will restart automatically.

我知道Jupyter笔记本的某些方面正在工作，因为我可以在第一个单元格中运行以下内容，没有问题：

from IPython.display import display, Math

display(Math('\\text{This is latex formatting:} \\quad x + 2y = 3j + 4'))

有人知道是什么导致内核死亡吗

以下是虚拟环境中的所有包：

# packages in environment at /opt/anaconda3/envs/virtualEnvironment:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
appnope                   0.1.0                    py37_0  
attrs                     19.3.0                     py_0    conda-forge
backcall                  0.1.0                    py37_0  
blas                      1.0                         mkl  
bleach                    3.1.5              pyh9f0ad1d_0    conda-forge
brotlipy                  0.7.0           py37h9bfed18_1000    conda-forge
ca-certificates           2020.4.5.1           hecc5488_0    conda-forge
certifi                   2020.4.5.1       py37hc8dfbb8_0    conda-forge
cffi                      1.14.0           py37h356ff06_0    conda-forge
chardet                   3.0.4           py37hc8dfbb8_1006    conda-forge
cryptography              2.9.2            py37he655712_0    conda-forge
decorator                 4.4.2                      py_0  
defusedxml                0.6.0                      py_0    conda-forge
entrypoints               0.3                      py37_0  
idna                      2.9                        py_1    conda-forge
importlib-metadata        1.6.0            py37hc8dfbb8_0    conda-forge
importlib_metadata        1.6.0                         0    conda-forge
intel-openmp              2019.4                      233  
ipykernel                 5.1.4            py37h39e3cac_0  
ipython                   7.13.0           py37h5ca1d4c_0  
ipython_genutils          0.2.0                    py37_0  
jedi                      0.17.0                   py37_0  
jinja2                    2.11.2             pyh9f0ad1d_0    conda-forge
json5                     0.9.0                      py_0    conda-forge
jsonschema                3.2.0            py37hc8dfbb8_1    conda-forge
jupyter_client            6.1.3                      py_0  
jupyter_core              4.6.3                    py37_0  
jupyterlab                2.1.2                      py_0    conda-forge
jupyterlab_server         1.1.1                      py_0    conda-forge
libcxx                    4.0.1                hcfea43d_1  
libcxxabi                 4.0.1                hcfea43d_1  
libedit                   3.1.20181209         hb402a30_0  
libffi                    3.2.1             h6de7cb9_1006    conda-forge
libgfortran               3.0.1                h93005f0_2  
libsodium                 1.0.16               h3efe00b_0  
markupsafe                1.1.1            py37h9bfed18_1    conda-forge
mistune                   0.8.4           py37h9bfed18_1001    conda-forge
mkl                       2019.4                      233  
mkl-service               2.3.0            py37hfbe908c_0  
mkl_fft                   1.0.15           py37h5e564d8_0  
mkl_random                1.1.0            py37ha771720_0  
nbconvert                 5.6.1            py37hc8dfbb8_1    conda-forge
nbformat                  5.0.6                      py_0    conda-forge
ncurses                   6.2                  h0a44026_1  
notebook                  6.0.3                    py37_0    conda-forge
numpy                     1.18.1           py37h7241aed_0  
numpy-base                1.18.1           py37h6575580_1  
openssl                   1.1.1g               h0b31af3_0    conda-forge
packaging                 20.1                       py_0    conda-forge
pandas                    1.0.3            py37h6c726b0_0  
pandoc                    2.9.2.1                       0    conda-forge
pandocfilters             1.4.2                      py_1    conda-forge
parso                     0.7.0                      py_0  
patsy                     0.5.1                    py37_0  
pexpect                   4.8.0                    py37_0  
pickleshare               0.7.5                    py37_0  
pip                       20.0.2                   py37_1  
prometheus_client         0.7.1                      py_0    conda-forge
prompt-toolkit            3.0.4                      py_0  
prompt_toolkit            3.0.4                         0  
ptyprocess                0.6.0                    py37_0  
pycparser                 2.20                       py_0    conda-forge
pygments                  2.6.1                      py_0  
pyopenssl                 19.1.0                     py_1    conda-forge
pyparsing                 2.4.7              pyh9f0ad1d_0    conda-forge
pyrsistent                0.16.0           py37h9bfed18_0    conda-forge
pysocks                   1.7.1            py37hc8dfbb8_1    conda-forge
python                    3.7.7           hc70fcce_0_cpython  
python-dateutil           2.8.1                      py_0  
python_abi                3.7                     1_cp37m    conda-forge
pytz                      2020.1                     py_0  
pyzmq                     18.1.1           py37h0a44026_0  
readline                  8.0                  h1de35cc_0  
requests                  2.23.0             pyh8c360ce_2    conda-forge
scipy                     1.2.1            py37h1410ff5_0  
send2trash                1.5.0                      py_0    conda-forge
setuptools                46.1.3                   py37_0  
six                       1.14.0                   py37_0  
sqlite                    3.31.1               h5c1f38d_1  
statsmodels               0.11.0           py37h1de35cc_0  
terminado                 0.8.3            py37hc8dfbb8_1    conda-forge
testpath                  0.4.4                      py_0    conda-forge
tk                        8.6.8                ha441bb4_0  
tornado                   6.0.4            py37h1de35cc_1  
traitlets                 4.3.3                    py37_0  
urllib3                   1.25.9                     py_0    conda-forge
wcwidth                   0.1.9                      py_0  
webencodings              0.5.1                      py_1    conda-forge
wheel                     0.34.2                   py37_0  
xz                        5.2.5                h1de35cc_0  
zeromq                    4.3.1                h0a44026_3  
zipp                      3.1.0                      py_0    conda-forge
zlib                      1.2.11               h1de35cc_3  

我以前试图用这个问题的答案来解决这个问题：Conda environments not showing up in Jupyter Notebook。我想不出我目前的处境有什么问题

其他可能有价值的信息：如果我在我的正常环境下启动一个新的Jupyter笔记本，numpy导入就可以了。这是我第一次遇到内核死亡的问题。我从来没有像这样从头开始构建过虚拟环境；我通过终端使用conda安装了ipython、ipykernel和jupyter。我使用pip安装了statsmodels。也许使用pip是我的错误

---

这可能是一个路径问题吗？我以前下载过anaconda的GUI版本。当我提示终端

echo $PATH

这些路径将被打印：

/Users/RZ/anaconda3/bin:
/opt/anaconda3/condabin:
/usr/local/bin:
/usr/bin:
/bin:
/usr/sbin:
/sbin:
/usr/texbin:
/opt/X11/bin:
/usr/local/git/bin

---

最近，我进行了以下工作：

当我跑步时： jupyter nbextension list

我将此作为输出：

Known nbextensions:
  config dir: /Users/Rentazilla/anaconda3/etc/jupyter/nbconfig
    tree section
      nb_conda/tree disabled

这就是问题所在吗？可能nb_conda/树被错误地禁用。根据Jupyter笔记本github（https://github.com/jupyter/notebook/issues/1716）上的至少一个链接，nbextension列表和serverextension都应该被禁用

5/14/20

好吧，在经历了无数次不同的尝试之后，我想出了一个可行的解决方案，但我觉得它并不漂亮

昨天我不确定该做什么，我决定卸载并重新安装conda。我使用了https://docs.anaconda.com/anaconda/install/uninstall/中详细介绍的完整方法 并卸载了所有anaconda3文件夹，并使用最新的miniconda安装程序重新安装了conda

然后我创建了一个新的conda环境：

conda create -n py3 ipykernel ipython jupyter_client jupyter_core traitlets ipython_genutils

接下来，我在基本环境中安装了nb_conda_kernels。然后我继续在py3环境中安装numpy、sympy、matplotlib、统计模型和jupyter_实验室

我注意到jupyter仍然将一些旧环境视为内核；我需要把它们处理掉。现在我只保留基本环境和py3环境

我注意到jupyter的内核使用了错误的路径，所以我改变了这一点

这并没有解决问题。我在基本和py3环境中将python降级到3.7.7。这也没有解决问题。因此，我尝试使用终端在python中运行一些基本命令。我发现运行import numpy导致python崩溃，并给出了输出Illegal Instruction: 4。通过一些在线搜索，我找到了这个页面：

https://apple.stackexchange.com/questions/387935/python-quit-working-and-now-i-get-illegal-instruction-4-message

我决定也尝试降级numpy:conda install -n py3 numpy=1.17

我决定通过包含以下脚本的终端使用python测试名为test1.py的文件：

num = int(input("Enter a number: "))
import numpy as np
print(num)
import sys
print(sys.version)

我根据上一个链接中的答案抄了下来。这一切都很顺利。运行时使用：

python -u -m trace -t test1.py

然而，在终端上给出了一个长得离谱的信息流

将numpy降级到1.18.5解决了这个问题，至少目前是这样

Answer 1

jupyter笔记本github问题建议卸载jupyter并重新安装：https://github.com/jupyter/notebook/issues/1892#issuecomment-260403964

关于在jupyter中使用多个conda环境，我通常会这样做：

1. 在基本环境中安装nb_conda_kernels
   • conda install -n base nb_conda_kernels
2. 在jupyter中可以访问的任何conda环境中安装ipykernel
   • conda install -n ENVNAME ipykernel

在使用conda环境时，最好尽可能使用conda install。statsmodels在conda中可用，因此您应该conda install它