转换为二进制文件时发生Plink错误：.ped文件的第1行的标记比预期的少

Question

我能在这里得到帮助吗？在plink（全基因组关联分析工具集）从“ped”、“map”格式转换为二进制对应的“bed”、“bim”、“fam”时，有人遇到过以下错误吗？我使用的是Linux和plinkv1.90b3j

Error: Line 1 of .ped file has fewer tokens than expected.

我在python脚本中使用这个命令在几十个文件中运行它：

plink --file S205 --out S205 --make-bed

对于32个文件中的2个，在本例中，我得到了这个错误。该文件与所有其他文件完全相同，因为它们都是以前用同一脚本完成的。所有样本的家庭、父亲、母亲身份证和性别都是相同的，正如我所说，等位基因信息的书写方式与其他30个工作文件完全相同。在

我注意到，当我将行尾编码改为“Windows”时，错误变为以下内容。其他好的文件适用于任何类型的行尾（Unix、Win、Mac）。在

^{pr2}$

作为一个例子，我将工作*.ped（S209）和非工作（S204）的第一列和最后一列保留在这里。在

S209 S209 0 0 1 1 C C C C T T T T ... G G G G G G 

S204 S204 0 0 1 1 T T T T G G G G ... G G G G C C 

谢谢！ 丹尼尔

Answer 1

我发现了问题。我的“ped”文件与“map”文件的基因型数目不完全相同，因为基数低。我的脚本跳过那些snp，不向ped输出任何东西。由于“map”文件是基于GATK堆积文件位置创建的，因此存在不匹配，因为所有位置都被转移到“map”文件中。也许把这个放在这里是有用的，但它可以标记为已解决。在