将立柱更换为设计形式

2024-06-07 03:41:22 发布

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我有一个这样的专栏

Hei-3_ctg7180000009945  pan gene    1   13249   .   .   .   ID=Hei-3_ctg7180000009945;Name=Hei-3_ctg7180000009945
Hei-3_ctg7180000009946  pan gene    1   587 .   .   .   ID=Hei-3_ctg7180000009946;Name=Hei-3_ctg7180000009946

我想让它像:

Hei-3_ctg7180000009945  pan gene    1   13249   .   .   .   ID=Hei-3_ctg7180000009945;Name=Hei-3_ctg7180000009945
Hei-3_ctg7180000009945  pan mRNA    1   13249   .   .   .   ID=mHei-3_ctg7180000009945;parent=Hei-3_ctg7180000009945
Hei-3_ctg7180000009945  pan exon    1   13249   .   .   .   ID=eHei-3_ctg7180000009945;parent=mHei-3_ctg7180000009945

有什么建议我可以很容易地做到吗?所以基本上我会把每行打印三次。第一行与输入相同。第二行为基因转化为mRNA,最后一列为基因转化。第三栏的情况也是如此

这就是我在python中尝试的。但我尝试读取每个元素,但我不确定如何修改某些元素

with open('10_pan.gff3') as f:
 for line in f:
      lines1 = line.rstrip('\n').split(' ')
      ll = line.split('\t')
      #print (ll)
      print(lines1)

Tags: nameid元素line基因panparentsplit