修剪文件名（从bash转换为Python）

Question

下面是我在bash中的工作代码：

inputDir='bla/bla/RNAseq/fastq/original/test'

for trimFile in $inputDir/*".1.trimmed"
    do
       filenumtwo=`basename -s .1.trimmed "$trimFile"`
       /bla/bla/softwares/SolexaQA++_v3.0/Linux_x64/SolexaQA++ lengthsort -l 20 -c $trimFile $inputDir/$filenumtwo.2.trimmed
    done

如您所见，我可以专门循环文件夹中以.1.trimmed结尾的文件，剪切扩展名并将结果存储在一个新变量中，然后使用该变量并简单地将.2.trimmed添加到其中，这样我就可以将这些成对的文件作为参数

我想用python实现这一点，但它不起作用。我尝试过使用set、定义一个类，或者简单地使用trimFile.endswith（“1.trimmed”），但都不起作用。我肯定我错过了一些简单的事情

下面是我在python中的最新尝试。。。我经历了许多不同的循环配置：

solexa = "/bla/bla/softwares/SolexaQA++_v3.0/Linux_x64/SolexaQA++"
clipped = "/bla/bla/RNAseq/fastq/test/clipped/"

for trimFile in os.listdir("."):
   if trimFile.endswith("1.trimmed"):
      print "Clipping with SolexaQA++"
      command = [solexa,"lengthsort","-l","20","-c",trimFile,trimFile.endswith("2.trimmed"),"-d",clipped]
      subprocess.call(command)

编辑：谢谢你，这是对我有用的

for trimFile in glob.glob("*1.trimmed"):
    print "Clipping with SolexaQA++"
    trimFile2 = trimFile[:-9]
    trimFile2 = trimFile2 + '2.trimmed'
    command = [solexa,"lengthsort","-l","20","-c",trimFile,trimFile2,"-d",clipped]
    subprocess.call(command)

Answer 1

要获得与特定模式匹配的文件列表，我建议使用glob。例如，要查找所需内容，可以编写以下内容：

import glob
for file in glob.glob('*.1.trimmed'):
    ...