以图形方式显示本地sou的爆破路线

2024-05-14 00:56:21 发布

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我有一个问题,我正在努力解决。我有一个大约25000个基因的大数据集,这些基因似乎是域改组或基因融合的产物。我想在pdf格式的基础上查看MT6输出这些路线

我为这些基因中的每一个都有一个序列(重组双基因)的BLAST输出文件,以及不同数量的受试基因,其列如下: qseqid sseqid evalue qstart qend qlen sstart send slen长度 我希望通过一些代码来解析这些文件,以生成像附件一样的图像,使用以下示例blast输出文件:

Cluster_1___Hsap10003   Cluster_2___Hsap00200   1e-30   5   100 300 10  105 240 95
Cluster_1___Hsap10003   Cluster_2___Hsap00200   1e-10   200 230 300 205 235 30  95
Cluster_1___Hsap10003   Cluster_3___Aver00900   1e-20   5   100 300 10  105 125 100
Cluster_1___Hsap10003   Cluster_3___Atha00809   1e-20   5   110 300 5   115 120 105
Cluster_1___Hsap10003   Cluster_4___Ecol00002   1e-10   70  170 300 205 235 30  95
Cluster_1___Hsap10003   Cluster_4___Ecol00003   1e-30   75  175 300 10  105 240 95
Cluster_1___Hsap10003   Cluster_4___Sfle00009   1e-10   80  180 300 205 235 30  95
Cluster_1___Hsap10003   Cluster_5___Spom00010   1e-30   160 260 300 10  105 240 95
Cluster_1___Hsap10003   Cluster_5___Scer01566   1e-10   170 270 300 205 235 30  95
Cluster_1___Hsap10003   Cluster_5___Afla00888   1e-30   175 275 300 10  105 240 95

我希望查询序列是一个粗的彩色条,每个主题的对齐部分是粗的彩色条,带有细黑线,显示基因长度的其余部分(每行一个主题,显示查询的所有对齐部分)

有人知道任何软件或github代码可以做这样的事情吗

非常感谢

Sample alignment


Tags: 文件数据代码主题pdf格式基因序列