我有一个脚本,我正试图在cmd提示符中运行(rename_oturep.py
)。当我运行python rename_oturep.py
时,出现以下错误:
File "rename_oturep.py", line 1
Python 3.8.0 (tags/v3.8.0:fa919fd, Oct 14 2019, 19:37:50) [MSC v.1916 64 bit (AMD64)] on win32
^
SyntaxError: invalid syntax
所以,当我尝试运行脚本时,脚本似乎是从解释器的头读取的。你知道吗
例如
输入:
X:\Python 3.8> python
输出:
Python 3.8.0 (tags/v3.8.0:fa919fd, Oct 14 2019, 19:37:50) [MSC v.1916 64 bit (AMD64)] on win32
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
我已经删除了IDLE中的头信息&老实说,我不知道为什么它会将解释器头作为脚本的一部分来读取。我以前(几周前)成功运行过这个脚本,没有任何问题。为什么这只是一个问题?有没有人有类似的经历?你知道吗
下面是实际的脚本代码(从空闲直接复制):
import sys
import re
info = []
with open(sys.argv[1], 'r') as fasta_in:
for line in fasta_in:
info.append(line.replace('\r', '').rstrip('\n'))
seqs = []
list
for index, item in enumerate(info):
if index == 0:
ID = re.search('Otu[0-9]*',item[1:]).group(0)
else:
if index % 2 == 0:
ID = re.search('Otu[0-9]*',item[1:]).group(0)
else:
seqs.append((ID, item))
with open("clean_repFasta.fasta", 'w') as fasta_out:
for item in seqs:
fasta_out.write('>' + item[0] + '\n' + item[1] + '\n')
您应该从开头的行中删除
>
。你知道吗python文件应该看起来像是摆脱了语法错误
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