尝试转换RNA字符串时出现不可哈希类型错误

Question

在我现在正在写的代码里，有一个叫做codon_dict的字典，这个字典里列出了所有三字母密码子（codon）以及它们对应的氨基酸。我还有一个表格叫做rnaCodonTable，里面的值是单字母的氨基酸，而键是对应的三字母密码子。我想做的是从一个RNA碱基字符串中，每三个碱基对识别为一个密码子，然后把它翻译成它们所代表的单字母氨基酸。这是我目前的设置：

for i in range (0, len(self.codon_dict), 3): 
            codon = self.codon_dict[i:i+3] 
            print (codon)
            if codon in NucParams.codon_dict():
                self.codon_dict[codon] +=1

#codons are then converted to amino acids.
            temp_aa = NucParams.rnaCodonTable(codon)
            if temp_aa in self.aa_dict:
                self.aa_dict[temp_aa] += 1

我遇到了这个错误信息：codon = self.codon_dict[i:i+3] TypeError: unhashable type: 'slice'

我不太明白我哪里出错了。有人能给我解释一下这个错误吗？

这是rnaCodonTable的样子：

 rnaCodonTable = {
    # RNA codon table
    # U
    'UUU': 'F', 'UCU': 'S', 'UAU': 'Y', 'UGU': 'C', # UxU
    'UUC': 'F', 'UCC': 'S', 'UAC': 'Y', 'UGC': 'C', # UxC
    'UUA': 'L', 'UCA': 'S', 'UAA': '-', 'UGA': '-', # UxA
    'UUG': 'L', 'UCG': 'S', 'UAG': '-', 'UGG': 'W', # UxG
    # C
    'CUU': 'L', 'CCU': 'P', 'CAU': 'H', 'CGU': 'R', # CxU
    'CUC': 'L', 'CCC': 'P', 'CAC': 'H', 'CGC': 'R', # CxC
    'CUA': 'L', 'CCA': 'P', 'CAA': 'Q', 'CGA': 'R', # CxA
    'CUG': 'L', 'CCG': 'P', 'CAG': 'Q', 'CGG': 'R', # CxG
    # A
    'AUU': 'I', 'ACU': 'T', 'AAU': 'N', 'AGU': 'S', # AxU
    'AUC': 'I', 'ACC': 'T', 'AAC': 'N', 'AGC': 'S', # AxC
    'AUA': 'I', 'ACA': 'T', 'AAA': 'K', 'AGA': 'R', # AxA
    'AUG': 'M', 'ACG': 'T', 'AAG': 'K', 'AGG': 'R', # AxG
    # G
    'GUU': 'V', 'GCU': 'A', 'GAU': 'D', 'GGU': 'G', # GxU
    'GUC': 'V', 'GCC': 'A', 'GAC': 'D', 'GGC': 'G', # GxC
    'GUA': 'V', 'GCA': 'A', 'GAA': 'E', 'GGA': 'G', # GxA
    'GUG': 'V', 'GCG': 'A', 'GAG': 'E', 'GGG': 'G' # GxG
    }

Answer 1

有人能给我解释一下这个错误吗？

字典是一种用来查找的工具，字典里的“键”必须是可以被哈希的。在你的代码中，i:i:3的值是一个不可哈希的类型，叫做切片，所以它不能作为字典的键。

这里有一个简化版的错误示例，使用了另一种不可哈希的类型，列表：

>>> d = {}  # An empty dictionary
>>> d[[1,2]] = 3
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
TypeError: unhashable type: 'list'

---

我想我明白你想做什么，你有一个字符串，表示一个RNA链，像这样：

s = 'AUUGCUAAAAAGGAGGAUUUUCG'

你想从rnaCodonTable字典中获取对应的密码子。

所以，问题在于把RNA链分成三个字母一组，这样你就可以在密码子表中查找：

为了简化操作，可以使用grouper的用法：

from itertools import izip_longest

def grouper(iterable, n, fillvalue=None):
    "Collect data into fixed-length chunks or blocks"
    # grouper('ABCDEFG', 3, 'x') --> ABC DEF Gxx
    args = [iter(iterable)] * n
    return izip_longest(fillvalue=fillvalue, *args)

s = 'AUUGCUAAAAAGGAGGAUUUUCG'

codons = []

for pair in grouper(s, 3):
    codons.append(rna_codon_table[''.join(pair)])

print('Codons: {}'.format(''.join(codons))

grouper会返回一个元组，而我们的键是字符串，所以我们用一个空字符串把元组连接起来，形成一个三字母的组合：

>>> for pair in grouper(s, 3):
...    print(pair)
...
('A', 'U', 'U')
('G', 'C', 'U')
('A', 'A', 'A')
('A', 'A', 'A')
('G', 'G', 'A')
('G', 'G', 'U')
('U', 'U', 'U')
('U', 'C', 'G')
>>> for pair in grouper(s,3):
...     print(''.join(pair))
...
AUU
GCU
AAA
AAA
GGA
GGU
UUU
UCG

接下来，我们获取每个三字母组合对应的密码子，并把它们存储在一个列表中。最后，我们把这个列表打印出来，作为一个字符串。

你可以把循环合并成一个生成器，然后直接使用它，像这样：

codons = ''.join(rna_codon_table[''.join(pair)] for pair in grouper(s, 3))

我根据Python风格指南修改了你字典的命名方式。