Python/numpy 定位运行时警告

Question

我有一个在应用服务器上运行的numpy脚本，这个脚本会被调用成千上万次，但偶尔会出现一次运行时警告：

/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/scipy/stats/stats.py:2417: RuntimeWarning: invalid value encountered in double_scalars
r = (r_num / r_den)

1. 我不确定这个警告是在哪里出现的。
2. 我也不知道为什么会出现这个警告。
3. 这个警告对代码有什么影响吗？看起来一切都正常，单元测试也通过了。

不过，我不太确定我是不是在看正确的地方，因为这个警告出现的几率不到1%。

我该怎么做才能让Python打印出警告出现的位置呢？

Answer 1

在哪里：查看代码

r = (r_num / r_den)

这只在 两个地方 出现于 scipy；

• linregress 和 pearsonr 在 stats.py 文件中。
• pearsonr 在 mstats_basic.py 文件中。

为什么：一个 double_scalar 是一个单独的 double，而不是一个 numpy 数组。我在想，在某些调用中，r_num 和/或 r_den 可能是一个单一的（无效的）浮点数。但它不是零，因为零并不是无效的数字，这样的话会引发一个 ZeroDivisionError 异常。当计算返回 NaN 时，通常会发出无效的警告。

Answer 2

把警告变成一个异常：

import warnings
warnings.simplefilter('error')

这样的话，就会出现一个错误，你可以看到错误的详细信息。

Answer 3

如果你在脚本的开头放入

np.seterr(all='raise')

这段代码，程序会抛出异常而不是仅仅给出警告。这样会让你的脚本停止运行，并显示一个详细的错误追踪信息，这样你就能知道错误发生在哪里。

接着，你可以在代码中抛出异常的那一行周围加上一个 try...except 结构，然后在 except 部分记录相关变量的值。

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另外，你提到的运行时警告显示这个警告是在 stats.py 的第2417行产生的。这似乎是在 pearsonr 函数中。用谷歌搜索“invalid value encountered in double_scalars”可以找到这个问题，它提到

from scipy.stats.stats import pearsonr

X = [4, 4, 4, 4, 4, 4]
Y = [4, 5, 5, 4, 4, 4]

pearsonr(X, Y)

会引发运行时警告。这表明你偶尔会用一些输入调用 pearsonr，导致出现除以零的情况（正如用户3453425所说）——可能是因为某个输入是常数，因此标准差为零。

在这种情况下，pearsonr(X, Y) 会返回 (nan, 1.0)。所以要确保你处理好皮尔逊相关系数未定义的情况（即 nan）。