使用Python从PDB文件中删除部分内容

Question

我有一个pdb文件（input.pdb），我想从这个文件中删除一些特定的部分，然后把剩下的内容写回一个新文件（out.pdb）。比如说，我要从链H中删除第92个残基到第105个残基的内容，然后把去掉这些部分后的文件（也就是input.pdb去掉了被删除的部分）写入一个新文件（out.pdb）。

Answer 1

这里有一个使用biopython的 Bio.PDB 包的例子。我们用结构 1y26.pdb 作为示范，所以我们首先得加载它：

import Bio.PDB as bpdb

s = bpdb.PDBParser().get_structure('temp', '1y26.pdb')

start_res=20
end_res=30
chain_id = 'X'

这部分很有意思。你需要创建一个 Bio.PDB.Select 的子类，这个子类会告诉pdb输出类哪些残基（分子的一部分）需要保存。对于结构中的每个残基，它会调用下面类的 accept_residue 方法，如果返回true就保存这个残基，如果返回false就跳过。链的ID也是一样的处理方式。

class ResSelect(bpdb.Select):
    def accept_residue(self, res):
        if res.id[1] >= start_res and res.id[1] <= end_res and res.parent.id == chain_id:
            return False
        else:
            return True

最后，我们创建一个实际进行保存的类，并把上面定义的选择类传给它。

io = bpdb.PDBIO()
io.set_structure(s)
io.save('1y26_cropped.pdb', ResSelect())

就这样，没别的了。希望这样能帮到你。