Python与.pdb文件

Question

我正在做一个生物项目。我有一个 .pdb 文件，这个文件里面包含了关于分子的信息。

我想从这个 .pdb 文件中找出以下几个关于分子的内容：

1. 分子质量。
2. 氢键供体。
3. 氢键受体。
4. LogP 值。
5. 折射率。

有没有什么 Python 模块可以处理 .pdb 文件来找到这些信息？如果没有的话，有人能告诉我该怎么做吗？

我找到了一些模块，比如 sequtils 和 protienparam，但它们不能完成这些任务。

Answer 1

一个pdb文件可以包含很多内容。很多项目都允许你解析这些文件，有些是专门针对生物学和pdb文件的，其他的则不那么专门，但可以做更多的事情（比如设置计算、测量距离、角度等等）。

我觉得你可能被投了反对票，因为这样的项目有很多：你并不是唯一一个想做这个的人，所以有很大机会能找到完全符合你需求的工具。

不过，如果你只是想为这个特定需求解析pdb文件，其实可以自己动手：

• 用文本编辑器打开文件。
• 找出相关数据的位置（关键词等等）。
• 写一个Python函数，打开文件并查找关键词。
• 从文件中提取出数据。
• 完成。

这可以用一个短小的脚本在不到10分钟内完成（这也是被投反对票的另一个原因）。

Answer 2

PDB 文件还会生成一个 XML 文件，叫做 PDBML，这个文件可以很方便地用 xml 解析库来读取和处理。

http://pdbml.pdb.org/

Answer 3

我不确定这是否符合你的需求，但Biopython看起来可能会对你有帮助。