使用networkx和gexf格式时节点位置

Question

我正在使用networkx来创建一个diGraph对象，给它添加节点和边（还包括一些特性），然后写出一个gefx文件，最后用Gephi来可视化这个文件。

import networkx as nx
dg = nx.DiGraph()
dg.add_node(attribute1, 2, etc...)
dg.add_edge(attribute1, 2, etc...)
nx.write_gexf("output.gexf")

这个过程运行得非常顺利。现在我需要给这些节点分配位置。我看到networkx似乎可以做到这一点（http://networkx.github.com/documentation/latest/examples/drawing/house_with_colors.html），而且我知道gexf文件有一个viz标签（http://gexf.net/format/viz.html）。我手头有一个字典，里面存储了节点的名称和它们的坐标。你有什么建议可以把这些结合起来吗？

到目前为止，我的做法是读取已经生成的gexf文件，查找节点，然后创建viz:position标签。

不过，这样做效率不高，我希望能在添加节点的时候直接处理这些。

Answer 1

每个节点的数据都可以用Python字典的形式来获取。这里有一个例子，展示了GEXF节点可视化数据是如何存储和处理的。

In [1]: import sys

In [2]: import urllib2

In [3]: import networkx as nx

In [4]: data = urllib2.urlopen('http://gexf.net/data/viz.gexf')

In [5]: G = nx.read_gexf(data)

In [6]: print G.node['a']
{'viz': {'color': {'a': 0.6, 'r': 239, 'b': 66, 'g': 173}, 'position': {'y': 40.109245, 'x': 15.783598, 'z': 0.0}, 'size': 2.0375757}, 'label': 'glossy'}

In [7]: G.node['a']['viz']['position']['x']=10

In [8]: G.node['a']['viz']['position']['y']=20

In [9]: print G.node['a']
{'viz': {'color': {'a': 0.6, 'r': 239, 'b': 66, 'g': 173}, 'position': {'y': 20, 'x': 10, 'z': 0.0}, 'size': 2.0375757}, 'label': 'glossy'}

In [10]: nx.write_gexf(G,sys.stdout)
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?><gexf xmlns:ns0="http://www.gexf.net/1.1draft/viz" version="1.1" xmlns="http://www.gexf.net/1.1draft" xmlns:viz="http://www.gexf.net/1.1draft/viz" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance">
  <graph defaultedgetype="undirected" mode="static">
    <nodes>
      <node id="a" label="glossy">
        <ns0:color b="66" g="173" r="239" />
        <ns0:size value="2.0375757" />
        <ns0:position x="10" y="20" z="0.0" />
      </node>
    </nodes>
    <edges />
  </graph>
</gexf>