将netcdf转换为图像
我有一个netcdf格式的文件，我想用命令行工具把它转换成图片（比如joed、png或者gif格式）。
有没有人能帮我提供一下相关的库名，或者给我一个链接，告诉我怎么操作。
谢谢，
大卫
7 个回答
你可以使用我新发布的工具包 ncplot 来实现这个功能（可以通过 pypi 或 conda-forge 获取）。这个工具包可以作为命令行工具使用，也可以在 Python 中使用，它能从 NetCDF 文件生成互动图表。
在命令行中，只需输入以下内容：
ncplot infile.nc
在 Python 中（最好是在 Jupyter notebook 里）。只需输入以下内容：
from ncplot import ncplot
ncplot("infile.nc")
这里有一个官方的软件列表，可以用来处理NetCDF文件。
http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/software.html
如果你需要什么，可能在这个列表里都有。不过如果你感兴趣，我有一些个人的看法。
你在用什么操作系统？是Linux、Windows还是其他的？无论你用什么，我觉得你可能会发现很难找到现成的命令行工具，除非你自己去做一个。
其实用Java或Python加上一些GDAL库，自己写个工具应该相对简单。如果你有ArcGIS，我也做过类似的东西，但那不是命令行工具，因为实现起来比较复杂。
你会遇到的问题之一是，使用命令行时，你需要提前设置一些额外的信息，比如导出时的设置，但这些信息在没有图形界面的环境下很难处理。
比如，你需要考虑是灰度图还是彩色图。如果是彩色图，具体用什么颜色也要提前定义。假设我们用蓝到红的颜色渐变，那么红色代表的是高值还是低值？颜色是怎么分配给数值的？是逐渐变化的，还是分段的？比如0到10对应一种颜色，10到20对应另一种颜色。
虽然这不是命令行工具，但' NcView' 可能对你有帮助。
其他人提到了像ArcGIS、IDL和Matlab这样的商业解决方案，但这里有一种使用Python的方法。我们可以用netCDF4这个模块来读取netcdf文件，然后用matplotlib来生成图像。netCDF4模块可以读取NetCDF3和NetCDF4文件，还能读取通过OPeNDAP服务提供的远程NetCDF（或其他文件）。下面我用OPeNDAP服务读取了地形数据，所以你应该可以直接运行这个程序而不需要修改。虽然netCDF4模块的安装可能有点麻烦，但它已经包含在Python(x,y)、Enthought Canopy和Continuum Anaconda这些版本里。
import matplotlib.pyplot as plt
import netCDF4
# open a local NetCDF file or remote OPeNDAP URL
url = 'http://www.ngdc.noaa.gov/thredds/dodsC/relief/ETOPO1/thredds/ETOPO1_Bed_g_gmt4.nc'
nc = netCDF4.Dataset(url)
# examine the variables
print nc.variables.keys()
print nc.variables['z']
# sample every 10th point of the 'z' variable
topo = nc.variables['z'][::10,::10]
# make image
plt.figure(figsize=(10,10))
plt.imshow(topo,origin='lower')
plt.title(nc.title)
plt.savefig('image.png', bbox_inches=0)
这样就会生成这个图像：