关于line.split命令的问题

0 投票
1 回答
898 浏览
提问于 2025-04-16 22:26

这是我需要处理的txt文件:

chr8    148401  153100  duplication

chr8    206001  207100  deletion

chr8    584401  589500  deletion

chr8    615101  616600  deletion

chr8    842601  843200  deletion

chr8    868901  869700  deletion

基本上,我想提取这两个数字,然后进行减法运算。我的代码如下:

#!/usr/bin/python

import os,sys

file = open('/home/xxx/sge_jobs_output/rCEU.bed','r')
for line in file.readlines():
    num1 = line.split()[1].split()[0]
    num2 = line.split()[1].split()[1].split()[0]
    num = int(num2)-int(num1)
    print num

我可以成功打印出num1,但num2却不行。那么我们不能连续使用超过两个.split吗?

而且错误信息是这样的:

Traceback (most recent call last):
  File "CNV_length_cal.py", line 8, in <module>
    num2 = line.split()[1].split()[1].split()[0]
IndexError: list index out of range

这里到底出了什么问题?我对.split这个命令真的很困惑……但我找不到相关的教程……谢谢

1 个回答

5

只需要一次分割就够了!

>>> s="chr8    584401  589500  deletion"
>>> l = s.split()
>>> l
['chr8', '584401', '589500', 'deletion']
>>> int(l[1]) - int(l[2])
-5099

撰写回答