从Python执行R脚本

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提问于 2025-04-16 21:29

我有一个R脚本，可以生成几个图表。我想从Python中执行这个脚本。

我第一次尝试了：

import subprocess
subprocess.call("/.../plottingfile.R", shell=True)

但出现了以下错误：

/bin/sh: /.../plottingfile.R: Permission denied
126

我不知道126这个数字是什么意思。我的所有文件都在桌面上，所以我觉得不需要什么特别的权限？我还以为这个错误可能和cwd = none有关，但我改了这个设置，还是出现了错误。

接下来我尝试了以下代码：

subprocess.Popen(["R --vanilla --args </.../plottingfile.R>"], shell = True)

但这也给我带来了错误：

/bin/sh: Syntax error: end of file unexpected.

4 个回答

你试过用 chmod u+x /pathTo/Rscript.R 这个命令吗？

回答于 2025-04-16 由 Python大师

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Shell错误126是一个执行错误。

权限被拒绝意味着你遇到了“权限问题”。

去查看一下那个文件，确保R/Python能够访问它。我建议你先试试这个：

$sudo chmod 777 /.../plottingfile.R

如果代码能运行，那就给它设置一个正确但不太容易访问的权限。

如果这样还不行，可以试试把R换成Rscript。

回答于 2025-04-16 由 Python大师

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首先，确保你的 platttingfile.R 脚本放在一个你能找到的地方。通常来说，它和你的其他文件在同一个文件夹里。

我在网上看到有一个工具叫 RScript，它可以用来从命令行运行 R 脚本。所以，如果你想运行这个脚本，可以用 Python 这样做：

import subprocess
retcode = subprocess.call(['/path/to/RScript','/path/to/plottingfile.R'])

如果一切顺利，这个命令会返回 retcode 0，表示成功。如果你的 platttingfile.R 脚本有输出内容，它会显示在标准输出（STDOUT）上。如果它打开了一个图形界面（GUI），那么那个界面就会弹出来。

如果你想同时捕获标准输出和错误输出，可以这样做：

import subprocess
proc = subprocess.Popen(['/path/to/RScript','/path/to/plottingfile.R'], stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
stdout, stderr = proc.communicate()

回答于 2025-04-16 由 Python大师

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