关于在Python中插入shell命令

Question

我在下面的Python脚本中插入了一些shell命令：

#!/usr/bin/python

import os,sys,re
import gzip
import commands

path = "/home/x/nearline"

for file in os.listdir(path):
  if re.match('.*\.recal.fastq.gz', file):
    fullpath = os.path.join(path, file)
    result = commands.getoutput('zcat fullpath |wc -l')
    numseqs = int(result)/4.0
  print numseqs

zcat fullpath |wc -l 是我插入的shell命令。

问题是，我在这里为所有的fastq文件定义了fullpath，但是当它被放在' '里面后，似乎这个fullpath就不管用了。我该怎么解决这个问题呢？

Answer 1

试试这个

commands.getoutput('zcat ' + fullpath + ' |wc -l')

因为在Python中，变量在字符串里不会自动展开。

Answer 2

fullpath 是一个变量，你需要把它和其他命令连接起来，像这样：

result = commands.getoutput('zcat ' + fullpath + ' |wc -l')

Answer 3

你需要把字符串和变量的值连接在一起：

result = commands.getoutput('zcat ' + fullpath + ' |wc -l')