无法打开文件："NameError: 名称 <filename> 未定义

Question

我正在写一个程序，用来读取FASTA文件，并在一些特定的字符，比如'>'等地方进行分割。但是我遇到了一个问题。

程序的部分代码是：

>>> def read_FASTA_strings(seq_fasta):
...     with open(seq_fasta.txt) as file: 
...             return file.read().split('>') 

错误信息是：

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
NameError: name 'seq_fasta' is not defined

我该如何解决这个问题呢？

Answer 1

你的程序把seq_fasta.txt当成了一个对象标签，就像你在导入math模块后使用math.pi一样。

这样是不行的，因为seq_fasta.txt实际上并没有指向任何东西，所以你会遇到错误。你需要做的是在它周围加上引号，比如' seq_fasta.txt'，或者创建一个包含这个内容的字符串对象，然后在打开文件时使用这个变量名。由于有.txt，程序认为函数头里的seq_fasta和函数体里的seq_fasta.txt是两个不同的标签。

另外，你不应该使用file这个名字，因为它是Python中的一个重要关键词，这样可能会导致一些棘手的错误和不好的习惯。

def read_FASTA_strings(somefile):
    with open(somefile) as textf: 
        return textf.read().split('>')

然后你就可以使用它了

lines = read_FASTA_strings("seq_fasta.txt") 

Answer 2

你需要把文件名加上引号，比如这样：open('seq_fasta.txt')。

除此之外，你可以选择一个不同的名字，但不要用file这个名字，因为它会覆盖掉一个内置的名字。

Answer 3

你需要把文件名写成一个字符串，也就是用引号括起来的文字：

open('seq_fasta.txt')