无法为Python 2.7重新安装PyTables

Question

我在安装Python 2.7的时候，想要再安装一次PyTables，但遇到了一个错误：

• 发现已经安装了numpy 1.5.1包。 .. 错误：找不到本地的HDF5安装。 你可能需要明确告诉系统你的HDF5头文件和库在哪里，可以通过设置HDF5_DIR这个环境变量，或者使用--hdf5这个命令行选项来实现。

我对HDF的安装不是很清楚。我又下载了一遍，并把它复制到了/usr/local/hdf5这个目录下。然后按照PyTable安装的建议尝试设置环境变量。有没有人遇到过这个问题，可以帮帮我吗？

Answer 1

这对我来说没用。

在Ubuntu 13.10上——我下载了最新的hdf5和它的python接口后，我用sudo命令创建了一个指向hdf5头文件的符号链接，因为我使用的依赖库找不到这些文件——我正在使用pac bio核心库来进行自定义操作。

sudo updatedb

而且

locate hdf5

在我下载并安装了核心库和python接口后，确实在我的路径中找到了它们。

wget http://www.hdfgroup.org/ftp/HDF5/current/src/hdf5-1.8.12.tar.gz

而且

wget https://pypi.python.org/packages/source/h/h5py/h5py-2.2.1.tar.gz

我必须做以下操作：

export HDF5_DIR=/mnt/hdf5-1.8.12/hdf5/

pip install tables --force

Answer 2

我的 HDF5 是通过 homebrew 安装的，所以我设置环境变量的方法是这样的： HDF5_DIR=/usr/local/Cellar/hdf5/1.8.9

Answer 3

hdf5的命令行选项写得不对（ --hdf5='/usr/local/hdf5' ）。在setup.py里加一些打印语句，让我更容易找到问题所在。