如何从networkx获取不同颜色的边

Question

我创建了一个树形图，具体可以查看这个问题。
现在我有一些主要的分组。
其中一个组有绿色和棕色的节点，里面有字母'B'和'A'。第二个组只有粉色的节点和字母'T'，最后一个组有黄色、橙色和蓝色的节点，字母是'L'、'X'和'H'。这些颜色是节点的颜色，而字母是它们的名称。所以我想给不同组的边缘上色。

#taken from draw_graphviz
def get_label_mapping(G, selection): 
    for node in G.nodes(): 
        if (selection is None) or (node in selection): 
            try: 
                label = str(node) 
                if label not in (None, node.__class__.__name__): 
                    yield (node, label) 
            except (LookupError, AttributeError, ValueError): 
                pass


labels = dict(get_label_mapping(G, None))
for label in labels.keys():
if str(label) != "Clade":
        num = label.name.split('-')
        if 'T' in num[0]:
            node_colors.append('#CC6699')
        elif 'X' in num[0]:
            node_colors.append('r')
        else:
            node_colors.append('y')

所以我做了一个和上面类似的函数，不过我把节点改成了获取边缘（get_edge）。然后我尝试了这个：

  for edge in edges.keys():
        if str(edge) != "Clade":
            if 'T' in edge:
                edge_colors.append('b')

这里的边缘是：

(Clade(branch_length=-0.00193, name='T-7199-8'), Clade(branch_length=0.00494))

也许可以用某种方式来判断如果名字里有'T'，那么就给边缘上色。你觉得怎么样？

有没有人知道怎么做这个？

谢谢！

Answer 1

我猜测（因为我不知道这段代码在整个程序中是怎么用的），你是在遍历这些节点，然后为每个节点添加一种颜色。就像错误信息所说的，你需要找出每条边所需的颜色。这会更复杂一些。

好的，明白了！这段代码可以稍微整理一下，但现在这样也能用。

#Define your centre node: you need to pull this out of the graph. Call it b.
# The number changes each time: look for a Clade(branch_length=0.03297)
# Its neighbors have branch lengths .00177, .01972, .00774.
b = G.nodes()[112]

# Recursively paint edges below a certain point, ignoring ones we've already seen
def paintedges(graph, startnode, colour):
    for node in graph.neighbors(startnode):
        if node not in alreadyseen: # alreadyseen is in global scope
            graph[startnode][node]["colour"] = colour
            alreadyseen.add(node)
            paintedges(graph, node, colour)

alreadyseen = set([b])
G[b][G.neighbors(b)[0]]["colour"] = "red"
paintedges(G, G.neighbors(b)[0], "red")
G[b][G.neighbors(b)[1]]["colour"] = "blue"
paintedges(G, G.neighbors(b)[1], "blue")
G[b][G.neighbors(b)[2]]["colour"] = "green"
paintedges(G, G.neighbors(b)[2], "green")

# Now make a list of all the colours, in the order networkx keeps the edges
edgecolours = [G[f][t]["colour"] for f,t in G.edges()]
kwargs["edge_color"] = edgecolours