Python与OpenMP C扩展

Question

我有一个C语言扩展，想要使用OpenMP。不过，当我导入我的模块时，出现了导入错误：

ImportError: /home/.../_entropysplit.so: undefined symbol: GOMP_parallel_end

我在编译这个模块时用了-fopenmp和-lgomp选项。这个错误是因为我的Python安装没有用-fopenmp选项编译吗？我需要从源代码重新编译Python吗？还是说还有其他可能性？在我的模块中，实际上只有这一次使用了openmp：

unsigned int feature_index;
#pragma omp parallel for
for (feature_index = 0; feature_index < num_features; feature_index++) {

如果可以的话，我希望继续使用openmp，因为它非常简单，而且在这种情况下，使用并行处理非常合适。

编辑：我下定决心，重新编译了支持OpenMP的Python。现在我的模块运行得很好，但这并不是一个好的解决方案。如果需要完全重新编译Python，我就没法分发这个模块了。那么有没有人知道有什么解决办法？ctypes可以用吗？

解决了！这其实是一个简单的链接问题。（我为了这个还重建了Python？）在编译模块时，OpenMP没有被正确链接。所以，确实可以加载一个使用OpenMP的C语言Python扩展。

Answer 1

这其实是个简单的链接问题。在编译这个模块的时候，OpenMP没有被正确链接。所以，确实可以加载一个使用了OpenMP的C语言Python扩展。你需要在编译时加上-fopenmp这个选项，链接时加上-lgomp这个选项。如果你在用distutils，确保你的setup.py配置正确。重新编译Python也有效，我猜是因为我已经把OpenMP和Python正确链接了，所以当Python加载这个模块时，库已经链接好了。

Answer 2

我知道这个帖子有点旧，但我想分享一下我的经历，因为我也遇到了同样的问题，只不过我是通过命令行使用f2py。我最开始是用下面的命令来编译我的OpenMP支持的Fortran 90子程序：

f2py --fcompiler=gfortran --f90flags='-fopenmp -lgomp' -m sub -c sub.90

这个命令成功创建了一个共享对象文件sub.so。但是，当我试图在Python环境中导入这个文件时，出现了类似未定义符号的导入错误。正如原作者所说，这个问题是因为我同时给编译器传递了-fopenmp和-lgomp这两个参数，而实际上只需要把-fopenmp传给编译器，把-lgomp传给链接器。

所以，我应该这样做：

f2py --fcompiler=gfortran --f90flags='-fopenmp' -lgomp -m sub -c sub.f90

就这样，问题解决了，我现在可以顺利导入我的子程序了。

Answer 3

为了让你更清楚，这里是你应该如何写setup.py文件的样子：

ext = Extension(
      'milk.unsupervised._som',
      sources = ['milk/unsupervised/_som.cpp'],
      extra_compile_args=['-fopenmp'],
      extra_link_args=['-lgomp'])


...
setup(..., ext_modules = [ext])