使用rpy2-2.0.7 + python 2.6 + r 2.11在windows 7上的ggplot2问题

Question

我正在使用 rpy2-2.0.7 这个版本（因为我需要在 Windows 7 上使用，而更新的 rpy2 版本编译起来太麻烦了），想把一个有两列的数据框传到 R 里，创建一些 ggplot2 的图层，然后把图像输出成一个 <.png> 文件。

我花了无数个小时在语法上纠结；有一次我确实成功输出了需要的文件，但（真是傻）没注意到，然后继续在代码上纠结……

我非常希望能得到一些帮助；下面是一个（简单的）示例来演示。非常感谢你的帮助！！！ ~ Eric Butter

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import rpy2.robjects as rob
from rpy2.robjects import r
import rpy2.rlike.container as rlc
from array import array

r.library("grDevices")    # import r graphics package with rpy2
r.library("lattice")
r.library("ggplot2")
r.library("reshape")

picpath = 'foo.png' 

d1 = ["cat","dog","mouse"]
d2 = array('f',[1.0,2.0,3.0])

nums = rob.RVector(d2)
name = rob.StrVector(d1)

tl = rlc.TaggedList([nums, name], tags = ('nums', 'name'))
dataf = rob.RDataFrame(tl)

## r['png'](file=picpath, width=300, height=300)
## r['ggplot'](data=dataf)+r['aes_string'](x='nums')+r['geom_bar'](fill='name')+r['stat_bin'](binwidth=0.1)
r['ggplot'](data=dataf)
r['aes_string'](x='nums')
r['geom_bar'](fill='name')
r['stat_bin'](binwidth=0.1)
r['ggsave']()
## r['dev.off']()

*输出的图像只是一个空白的图片（181 b）。

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在我玩弄 ggplot2 的时候，R 自己抛出了一些常见的错误：

r['png'](file=picpath, width=300, height=300)
r['ggplot']()
r['layer'](dataf, x=nums, fill=name, geom="bar")
r['geom_histogram']()
r['stat_bin'](binwidth=0.1)
r['ggsave'](file=picpath)
r['dev.off']()

*RRuntimeError: 错误：图中没有图层

r['png'](file=picpath, width=300, height=300)
r['ggplot'](data=dataf)
r['aes'](geom="bar")
r['geom_bar'](x=nums, fill=name)
r['stat_bin'](binwidth=0.1)
r['ggsave'](file=picpath)
r['dev.off']()

*RRuntimeError: 错误：在设置美学时，它们只能取一个值。问题：fill,x

Answer 1

当你需要绘制更复杂的图表时，这里有一些小技巧可以让事情变得简单一些：

from rpy2 import robjects
from rpy2.robjects.packages import importr
import rpy2.robjects.lib.ggplot2 as ggplot2
r = robjects.r
grdevices = importr('grDevices')
p = r('''
  library(ggplot2)

  p <- ggplot(diamonds, aes(clarity, fill=cut)) + geom_bar()
  p <- p + opts(title = "{0}")
    # add more R code if necessary e.g. p <- p + layer(..)
  p'''.format("stackbar")) 
  # you can use format to transfer variables into R
  # use var.r_repr() in case it involves a robject like a vector or data.frame
p.plot()
# grdevices.dev_off()

Answer 2

在你关闭 dev() 之前，必须先调用它，这意味着你需要先使用 print()（就像上面 JD 猜测的那样），然后再执行 dev.off()。

from rpy2 import robjects                          
r = robjects.r                                                                                    
r.library("ggplot2")
robjects.r('p = ggplot(diamonds, aes(clarity, fill=cut)) + geom_bar()') 
r.ggsave('/stackBar.jpeg') 
robjects.r('print(p)')
r['dev.off']()

Answer 3

我使用rpy2主要是通过Nathaniel Smith的一个很棒的小模块，叫做 rnumpy（你可以在rnumpy主页找到“API”链接）。使用这个模块，你可以做到：

from rnumpy import *

r.library("ggplot2")

picpath = 'foo.png' 
name = ["cat","dog","mouse"]
nums = [1.0,2.0,3.0]

r["dataf"] = r.data_frame(name=name, nums=nums)
r("p <- ggplot(dataf, aes(name, nums, fill=name)) + geom_bar(stat='identity')")
r.ggsave(picpath)

（我对你想要的图表样式有点猜测，但大概意思就是这样。）

另一个很方便的功能是通过ipy_rnumpy模块从Python进入“R模式”。（你可以在rnumpy主页找到“IPython集成”链接。）

对于复杂的事情，我通常会先在R中试验，直到我搞清楚绘图命令为止。因为在rpy2或rnumpy中，错误报告有时候会变得很麻烦。

比如，有时候一个赋值（或者其他计算）的结果会被打印出来，即使它应该是隐形的。这在给大型数据框赋值时特别烦人。一个快速的解决办法是，在出问题的那一行末尾加上一个返回短小结果的语句。例如：

In [59] R> long <- 1:20
Out[59] R>
  [1]   1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12  13  14  15  16  17  18
 [19]  19  20

In [60] R> long <- 1:100; 0
Out[60] R> [1] 0

（为了消除rnumpy中一些重复出现的警告，我编辑了rnumpy.py，添加了'from warnings import warn'，并把'print "error in process_revents: ignored"'替换成'warn("error in process_revents: ignored")'。这样，我每次会话中只会看到一次警告。）