用于微阵列数据的稳健多数组平均的Python脚本
我在谷歌上找了很多次，但都没有找到有用的信息。我看到一些关于用Python进行多数组平均的简单介绍，但没有看到具体的代码。我并不想重新发明轮子，所以想请教一下有没有推荐的Python模块或者脚本。
如果我能找到一个好的算法解释或者例子，我会写一个Python实现并分享出来。
如果你不太明白我在说什么，可以看看这个链接，虽然这不是正式的定义。http://www.mathworks.com/access/helpdesk/help/toolbox/bioinfo/ref/gcrma.html
3 个回答
我是一名生物学家，专注于基因组学，参与过5到6个微阵列项目。我对Python很熟悉，也能在R语言中应付得不错。
Python是一种很棒的编程语言，但目前我还不知道有什么模块能很方便地满足你的需求。相比之下，R语言提供了很多用于微阵列分析的工具包。
由于微阵列数据分析主要是为了医疗用途，使用的是标准的微阵列芯片和技术，因此生物研究不得不使用一些定制开发的（大多是R语言）工具包来进行分析。不幸的是，我觉得这种情况让微阵列数据分析在其他更成熟的编程语言中显得不太有趣，这些语言并没有受到研究生们的广泛认可。
希望你能找到Python的替代方案，如果找到的话，请告诉我们！
祝好
尽管这个问题是在六年前提出的，但当我最近也问自己这个问题时，还是找不到一个好的Python实现的RMA方法。因此，我做了一些研究，了解了这个方法的原理，并自己写了一个实现：
我还写了一篇文章，里面详细讲解了一些技术细节：
你可以考虑使用一个叫做Python的接口来操作R语言，R语言里有个叫做gcrma的包。RPy是一个模块，它可以让你使用你电脑上安装的所有R模块。Bioconductor里有一个gcrma模块，专门用于R语言。不过我没有找到可以在Python中实现这个功能的模块。