使用python-igraph和mysql结果创建有向加权图

Question

我正在使用python-igraph这个库，想要根据从MySQL查询结果生成一个有向加权图。我在我的数据集中对一个表进行了查询，想要根据这个查询的结果来创建图。简单来说，我的查询会返回以下内容：

A B Weight
1 2 3
2 4 5

有没有人能解释一下如何用python-igraph来实现这个？这真的可能吗？

Answer 1

假设你是直接从Python查询数据库，使用的是一个兼容DB-API 2.0的MySQL模块，你可以用Graph.DictList这个方法来实现你的目标。Graph.DictList可以从一个字典列表创建一个图形，而且你可以设置MySQL查询的游标，让它在获取一行数据时返回字典而不是元组。这个方法我没有测试过，因为我手头没有MySQL数据库，但它大致的思路是这样的：

import MySQLdb
import MySQLdb.cursors

conn = MySQLdb.connect(host='...', cursorclass=MySQLdb.cursors.DictCursor)

cursor = conn.cursor()
cursor.execute("SELECT source, target, weight FROM whatever")
graph = Graph.DictList(vertices=None, edges=cursor, edge_foreign_keys=('source', target'))

这里重要的一点是，当你连接到数据库时，要使用cursorclass=MySQLdb.cursors.DictCursor。上面的代码片段还利用了cursor是可迭代的这一特性，所以它可能不适用于其他数据库模块，但你可以很简单地用iter(cursor.fetchone, None)把一个通用的DB-API 2.0游标变成可迭代的。

另外，确保你在edge_foreign_keys中传入的两个列名和MySQL查询中包含源节点和目标节点的列名一致。查询结果中的其他列会被保存为边的属性。