我该如何处理这个回溯名称错误?这是我的第一个脚本
错误信息如下:
Traceback (most recent call last):
File "./unzipemall3.py", line 14, in <module>
sformat = parentFormat('start')
File "./unzipemall3.py", line 9, in parentFormat
parent = input(where + " Folder name (ex. Mol1-A) : ")
File "<string>", line 1, in <module>
NameError: name 'mol8' is not defined
!/usr/bin/env python
从操作系统模块导入 chdir 函数
从子进程模块导入 Popen 和 PIPE
定义一个函数 parentFormat,接收一个参数 where:
这个函数会返回一个用 '-' 分隔的列表。
举个例子,如果输入是 Mol1-A,返回的结果就是 [Mol1, A]。
这个函数的输入是大多数父文件夹的名称。
接下来,程序会提示用户输入文件夹的名称,格式是 "Mol1-A" 这样的形式:
parent = raw_input(where + " 文件夹名称 (例如:Mol1-A) : ")
最后,返回用 '-' 分开的名称列表。
如果 'main' 等于 name:
sformat = parentFormat('Start')
eformat = parentFormat('End')
cp_dir_prop = {'mol': cformat[0][:3], 'number': '5', 'letter': 'A'}
cp_files = ['vi.job', 'numjob', 'ortho.inp', 'job']
cp_dir = cp_dir_prop['mol'] + cp_dir_prop['number'] + "-" + cp_dir_prop['letter']
cp_dir = '/'.join([cp_dir, cp_dir]) + "-1"
try:
for i in range(0, cutInt(eformat[0])):
cformat[0] = sformat[0][:3] + str(cutInt(sformat[0]))
for j in range(0, ord(eformat[1])-64):
cformat[1] = chr(ord(sformat[1]) + j)
# ex. mkdir Mol8-A/Mol8-A-1
directory = '-'.join(cformat) + '/' + '-'.join(cformat + ['1'])
Popen(['mkdir', directory])
# ex. cp [files from Mol5-A-1] Mol8-A-1/
for cp_file in cp_files:
Popen(['cp', '/'.join([cp_dir, cp_file]), directory + '/'])
# ex. tar -xf Mol8-A
Popen(['tar', '-xf', '-'.join(cformat) + ".tgz"])
# rm charmm-gui
Popen(['rm', 'charmm-gui'])
# ex. cd Mol8-A
chdir('-'.join(cformat))
# sed -i -e '0,/dimensions/s/dimensions/!dimensions.' -e '5s/.*/DIMENS CHSIZE 1000000/' -e '68s/.*/DYNA CPT leap start time 0.002 nstep 25000 -/' step5.1_production.inp
sed = ['sed', '-i']
sed.extend(['-e', '5s/.*/DIMENS CHSIZE 1000000/'])
sed.extend(['-e', '68s/.*/DYNA CPT leap start time 0.002 nstep 25000 -/'])
sed.extend(['-e', '0,/dimensions/s/dimensions/!dimensions'])
sed.extend(['step5.1_production.inp'])
Popen(sed)
# sed -i -e '3s/nodes=4/nodes=1/' -e '37s:.*:mpirun ~/charmm.c36a4.20140107.newcali4.fixhcali.grange.b < ortho.inp >charmm.out:' job5
sed = ['sed', '-i']
sed.extend(['-e', '3s/nodes=4/nodes=1/'])
sed.extend(['-e', '37s:.*:mpirun ~/charmm.c36a4.20140107.newcali4.fixhcali.grange.b < ortho.inp >charmm.out:'])
sed.extend(['job5'])
Popen(sed)
# msub -q backfill job5
Popen(['msub', '-q', 'backfill', 'job5'])
# cd ..
chdir('..')
except Exception as e:
print (e)
1 个回答
3
我猜你在用的是Python 2.7或者更低的版本。
parent = input(where + " Folder name (ex. Mol1-A) : ")
在这一行,如果用户输入了 mol8
,解释器会去找变量 mol8
,然后试着把它赋值给 parent
。但是这样做是行不通的,因为变量 mol8
并不存在。如果你想让 parent
存储字符串值 "mol8"
,你应该使用 raw_input
。
parent = raw_input(where + " Folder name (ex. Mol1-A) : ")
另外,你也可以升级到Python 3,在这个版本中,raw_input
被改名为 input
。