如何从视频中提取像素行（roi），将多行合并为一个.tif图像？

Question

我刚开始学习编程，正在尝试使用ImageJ和Jython从视频中提取一条线，并把这些线合成一个时间进程。我想制作一个视频kymogram（也就是一种特殊的图像展示方式，详细信息可以查看这个链接：http://www.kymography.com/supp_demo.html）！

我尝试的代码是这样的：

from ij import ImagePlus, IJ
from ij.process import FloatProcessor

img = IJ.getImage() 
roi = img.getRoi()
StackSize = 100  #img.getImageStackSize() 

pixels = roi.getPixels()
Length = len(pixels)
Width = 1

total_pixels = [[0] *len(pixels)] * StackSize
t_pixels = []


for j in range (1, StackSize):
    img.setSlice (j)
    roi = img.getRoi()
    pixels = roi.getPixels()
    for i in xrange (len(pixels)):
        pixels [i] = pixels [i] 
    total_pixels[j-1] = pixels 

fp = FloatProcessor (Length, StackSize,total_pixels)
imp = ImagePlus ("White Noise", fp) 
imp.show()

但是它返回了一个错误信息： TypeError: ij.process.FloatProcessor(): 第三个参数不能转换为double[], int[], float[]

有没有什么建议可以解决这个问题？我可能可以通过遍历一个文本文件来添加像素变量，但我不知道该怎么做。 任何帮助都非常欢迎。 顺便说一下，如果你想试试，可以使用Fiji的Fly Brain示例。

非常感谢！

Answer 1

你遇到的错误提示说明，total_pixels 不是一个 double[]、int[] 或 float[] 类型的数组，而这是使用 FloatProcessor 类的构造函数所需要的。

在 Python 中创建 Java 数组的一个好方法是使用 jarray，这是一个用于 Java 数组的 Jython 模块，具体可以参考 Fiji wiki 的 Jython 脚本文档。

我对你的代码做了一些修改，同时 for 循环里面也需要一些修正：

from ij import ImagePlus, IJ
from ij.process import FloatProcessor
from jarray import zeros

img = IJ.getImage() 
roi = img.getRoi()
stackSize = img.getImageStackSize() 

pixels = roi.getPixels()
length = len(pixels)

total_pixels = zeros(length * stackSize, 'f')

for j in xrange (stackSize):
    img.setSlice (j+1)
    roi = img.getRoi()
    pixels = roi.getPixels()
    for i in xrange (length):
        total_pixels[j*length+i] = pixels [i]

fp = FloatProcessor (length, stackSize, total_pixels)
imp = ImagePlus ("White Noise", fp) 
imp.show()

顺便提一下，其他人也用过 ImageJ 来处理 kymographs（运动图）：你可以在 Fiji wiki 上找到一个教程，还有一些 生成 kymographs 的插件。