佐罗自动机-剂量分割图像注册器
zorroautomator的Python项目详细描述
作者：Robert A.McLeod
电子邮件：robbmcleod@gmail.com
zorro是一个用于电子显微术中剂量分馏图像漂移注册的软件包。它是专门用来抑制相关噪声的。
佐罗目前处于测试阶段。我们目前的首要任务是提供更好的安装方便性，因此如果您在安装zorro时遇到问题，请不要犹豫，打开一个问题。
有关安装的帮助，请参见wiki页面：https://github.com/C-CINA/zorro/wiki
佐罗有以下依赖关系：
- 努比
- scipy
- pyfftw
以及以下可选依赖项（分别用于加载HDF5和TIFF文件）：
- pytables
- scikit图像
zorro附带了一个名为numexprz的numexpr虚拟机的修改版本，它支持complex64数据类型。
佐罗是麻省理工学院的执照。
自动机
zorro和2dx的自动机是zorro的一个gui接口。
它具有以下附加依赖项：
- pyside
automator还附带了skulk管理器工具，它可以用作守护进程来监视目录中的新映像堆栈并自动处理它们。
自动机是lgpl许可证。
功能列表
- 导入：DM4、MRC、HDF5、堆叠TIFF
- 对串行4/8位mrc堆栈应用增益引用。
- 超分辨率叠加的傅里叶裁剪。
- 可在太阳电网发动机组上工作。
- 柔性滤波器：剂量滤波、低通滤波< /LI>
- 随机热像素滤波器检测每层探测器的辐射损伤
- CTF估算：CTffind4.1，GCTF
- 粒子拾取：gautomatch（alpha状态）
- 独立（分离奇偶帧）和非独立frc分辨率估计。
- 存档方式：7Z、PIGZ、LBZIP2
- 诊断PNG的输出
引文
McLeod，R.A.，Kowal，J.，Ringler，P.，Stahlberg，H.，2017年。低温透射电子显微镜的稳健图像对准。J. Struct。比尔。197:279-293。
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1047847716302520
zorro和automator使用或与以下第三方程序接口：
CTF估算CTffind4.1：
Rohou，A.，Grigorieff，N.，2015年。CTffind4：从电子显微照片快速准确地估计离焦。结构生物学杂志，分子tem 192 216-221探测技术和应用的最新进展。doi:10.1016/j.jsb.2015.08.008
来自gctf的ctf估计：
Zhang，K.，2016年。GCTF：实时CTF测定和校正。结构生物学杂志193，1-12。doi:10.1016/j.jsb.2015.11.003
来自serialem的4/8位mrc:
马斯特罗纳德，2005年。自动电子显微镜断层扫描使用稳健的预测标本移动。J. Struct。比尔。152:36-51。
佐罗的剂量过滤器是从unblur导入的：
格兰特，T.，格里戈里夫，N.，2015年。利用轮状病毒vp6的2.6_重建测量单粒子冷冻em的最佳暴露。伊莱夫科学e06980。doi:10.7554/elife.06980
欢迎加入QQ群-->： 979659372
