使用酵母途径试剂盒模拟和记录代谢途径组件。
ypkpathwa的Python项目详细描述
。
示例中的笔记本位于此存储库的docs文件夹中，并通过nbviewer可视化。
上面的例子是用pth6pth6indata.版本3.0.1运行在Python3.6或3.7上，依赖于Pyqt5和PyDNA 3.0.1或更高版本。
由ypkpathway 3.0.1生成的jupyter笔记本也需要pydna 3.0.1或更高版本才能运行。
作为自动测试套装的一部分，还有五个indata文件示例：
pth1pth2pth3pth4pth5pth7
蟒蛇轮以及pypi上的源分布。
基于Travisci的MacOSX Conda软件包。
在AppVeyor CI上构建的Conda包。
蟒蛇下载计数。
Github存储库。
ypkpatwhay包提供了一个图形点击界面和一个用于规划dna组装项目的命令行应用程序
使用酵母途径试剂盒协议。
有关如何使用该软件的详细信息，请参阅手册。
安装
安装ypkpathway的最佳方法是首先安装随附的免费的anaconda python发行版。
许多包和依赖项都是现成的。使用conda包只需键入：
bjorn@bjorn-UL30A:/$ conda install ypkpathway
将安装应用程序和所有依赖项。手册包含详细的
浏览此安装选项。
或者，可以使用pip安装ypkpathway，pip是pypa推荐的安装python包的工具。
bjorn@bjorn-UL30A:/$ pip install ypkpathway
pip可能无法安装两个依赖项，即pydna依赖项biopython和pyqt4具有二进制扩展名的biopython。
这些可以单独安装。pyqt4的二进制安装程序可以在这里找到。如何安装Biopython Can的说明
在这里可以找到
也可以通过下载一个源发行版从源安装ypkpathway。打开zip或.tar.gz存档文件并键入：
bjorn@bjorn-UL30A:/$ python setup.py install
在这种情况下，必须手动安装依赖项。还可以通过双击来安装ypkpathway的.exe安装程序。
它们也不安装依赖项。
依赖关系
ypkPathway依赖项是除pyqt之外的纯python模块。
pydna依赖于
要使用二进制安装程序安装，或者必须提供C编译器。
这里有用于ipython、bioppython、docopt的二进制windows安装程序
图形用户界面
应用程序是用pyqt4编写的，可以通过键入ypkpathway并按<；enter>；：
bjorn@bjorn-UL30A:/$ ypkpathway
如果在anaconda python发行版中使用conda安装，也可以从anaconda启动程序启动它。
命令行界面
命令行的典型用法如下：
bjorn@bjorn-UL30A:/$ ypkpathway_cli pth6.txt
其中，pth6.txt是一个文本文件，包含fasta或genbank格式的dna序列，将按照手册中的说明进行组装。
上面的ypkpathway_cli命令创建了一个包含一系列jupyter笔记本的文件夹，其中描述了
用pydna模拟组装过程。可通过-h选项获得帮助：
bjorn@bjorn-UL30A:/$ ypkpathway -h
Usage: ypkpathway <path> [<dir>]
ypkpathway -h|--help
ypkpathway -v|--version
ypkpathway -t|--test
Arguments:
<path> path to data file containing sequences to be assembled
<dir> Directory to put generated sequence files,defaults to
<ypk_assembly> in the current working directory.
Options:
-h, --help Show this screen.
-v, --version Show version.
结果
ypkpathway和ypkpathway_cli都会生成相同的结果，这是一个包含所选文件的结果文件夹。
文件夹将包含：
- genbank格式中的最终路径和所有中间向量的顺序
- 描述最终装配和中间装配的Jupyter笔记本文件。
- 扩增途径成分所需的所有PCR引物。
- 预期的诊断PCR产物片段长度表示正确和错误的克隆。
在只安装了ipython/jupyter的web浏览器中，可以查看results文件夹中的jupyter笔记本文件。
也有静态HTML版本的笔记本文件，可以在任何使用Web浏览器的计算机上查看。
开发
ypkpathway是开源软件，开发于
github
工作原理
ypkPathway生成一系列文本文档，格式为
用给定数据格式化的。在装配过程中，每个矢量生成一个文档。
这些文档包含注释和链接以及python代码。python代码描述了克隆和程序集
使用pydna的步骤。
使用notedown包将降价文档转换为json格式。
使用ipython执行笔记本。所有文件和
原始数据保存在独立的结果文件夹中。
欢迎加入QQ群-->： 979659372
推荐PyPI第三方库
bjorn@bjorn-UL30A:/$ conda install ypkpathway
bjorn@bjorn-UL30A:/$ pip install ypkpathway
bjorn@bjorn-UL30A:/$ python setup.py install
bjorn@bjorn-UL30A:/$ ypkpathway
bjorn@bjorn-UL30A:/$ ypkpathway_cli pth6.txt
bjorn@bjorn-UL30A:/$ ypkpathway -h
Usage: ypkpathway <path> [<dir>]
ypkpathway -h|--help
ypkpathway -v|--version
ypkpathway -t|--test
Arguments:
<path> path to data file containing sequences to be assembled
<dir> Directory to put generated sequence files,defaults to
<ypk_assembly> in the current working directory.
Options:
-h, --help Show this screen.
-v, --version Show version.
