雅斯:又一台尖峰分拣机
yass-algorithm的Python项目详细描述
note:yass处于开发的早期阶段。虽然它很稳定,但只经过了测试 我们实验室的数据,但我们正在努力使其更灵活。请随意发送 通过Gitter反馈。预计在不久的将来会有很多api更改。
参考
Lee,J.等人(2017年)。雅丝:又是一台尖峰分拣机。神经信息处理系统。在BioXiV中可用:^ {A5}
安装
安装最新稳定版本:
pip install yass-algorithm
如果您喜欢冒险,可以从主分支安装:
pip install git+git://github.com/paninski-lab/yass@master
示例
yass使用来自Nick Steinmetz:
# install last stable version pip install yass-algorithm # clone repo to get the sample data git clone https://github.com/paninski-lab/yass # move to the examples/ folder and run yass in the sample data cd yass/examples yass sort config_sample.yaml # see the spike train cat data/spike_train.csv
您还可以在python脚本中使用yas。有关详细信息,请参阅文档。
文档
运行测试
运行测试和flake8检查(从根文件夹):
pip install -r requirements.txt
make test
建筑文档
您需要安装graphviz来构建 文档。在MacOS上:
brew install graphviz
要生成文档(从根文件夹):
pip install -r requirements.txt make docs
贡献者
Peter Lee,Eduardo Blancas,Nishchal Dethe,Shenghao Wu, Hooshmand Shokri,Calvin Tong,Catalin Mitelut