最佳放射分类的工作流程。
WORC的Python项目详细描述
世界3.0.0版
最佳放射分类工作流程
worc是一个开源的python包，可以轻松地执行 无线电管道。
我们的目标是建立一个支持 其他工具的集成。通过我们的模块化构建和支持 我们需要不同的软件语言（python、matlab、ruby、java等） 促进和促进合作、标准化和 不同放射治疗方法的比较。把这个组合成一个 单一的框架，我们希望找到一个通用的无线电战略 可以解决各种问题。
免责声明
这个包还在开发中。我们试着彻底测试 评估每一个新的构建和功能，但是错误仍然会偏离轨道 发生。如果您发现任何 我们会尽快解决他们，或者在这个问题上制造麻烦 github。
安装
worc目前只支持使用python 3.6+的unix（在3.7.2和 3.7.3）系统，并在Ubuntu16.04、18.04和Windows上进行了测试 10个。
该软件包可以通过pip安装：
pip install WORC
或者，您可以直接从这个存储库安装worc：
python setup.py install
请确保先安装要求：
pip install -r requirements.txt
快速配置
安装程序将在 $home/.fastr/config.d名为worc_config.py的文件夹。使用此文件 为了配置fastr，我们使用的管道执行工具箱。更多 信息可在the FASTR website找到。 在这个文件中，定义了所谓的挂载，用于定位 WORC工具和您的输入和输出。请检查底座和 必要时更换。
echo "machine images.xnat.org > login admin > password admin" > ~/.netrc chmod 600 ~/.netrc
WORC中使用的第三方软件包：
- FASTR (Workflow design and building)
- xnat（从xnat收集数据）
- simpleitk（图像加载和预处理）
- Pyradiomics
- PREDICT
有关其他要求，请参见requirements file。
开始
我们建议你从WORC Tutorial开始。除了一个 带说明的笔记本，我们也提供了一个例子 脚本供您开始使用。确保输入自己的数据为 消息来源。另外，查看 worc/resources/fastr_tests目录。这个例子在 详见documentation。
在制品
- 我们正在改进文件。
- 我们正在组织临床相关数据集 示例和单元测试。
- 我们正在写一篇关于worc的论文。
接触
我们很乐意为您解答任何问题。请寄给我们一封信或 在github上放置一个问题。
我们欢迎对世界银行的贡献。目前，转换您的 工具箱放入fastr工具是令人满意的。
可选
除了默认安装之外，还有几个可选包 你可以安装来支持worc。
图像注册包含在worc中，通过elastix and transformix。为了使用弹性体， 请下载二进制文件并将它们放在 fastr.config.mounts['apps']路径。检查Elastix工具说明 正确的子目录结构。为了例如，在Linux上，二进制文件 库应该位于“../apps/elastix/4.8/install/”和 “./apps/elastix/4.8/install/lib”分别是。
注意：您也可以告诉worc从映像复制元数据 在应用变形字段之前，将文件保存到分段文件。 这需要itk和itktools：请参见the ITKTools github以进行安装 说明。
xnat
我们使用xnatpy包将工具箱连接到xnat online 数据库平台。你只需要在你想下载或 从XNAT上载数据或将数据上载到XNAT。我们建议您指定您的帐户 使用此功能时.netrc文件中的设置，以便 每次请求时都需要输入：
欢迎加入QQ群-->： 979659372
