wlcsim 0.1.11

什么是wlcsim？在

由斯帕科维茨实验室发起的一个项目，旨在进行各种聚合物物理研究 计算，特别是多尺度、粗粒度的模拟和理论 关于半柔性聚合物的。图书馆已被广泛应用于 模拟DNA，比较聚合物场理论和测量结果 但我们的universal coarse graining procedure和我们的 fieldtheoreticresults应该是 广泛适用于任何半柔性聚合物体系。在

例如，将我们的粗粒化过程与field theoretic simulations相结合， 我们是 H3K9甲基化导致整个染色体的阶段分离。在

有两个基本上独立的代码基，分别称为wlcsim。 一个是一个Fortran程序，它实现了我们的通用粗粒化过程 用蒙特卡罗方法模拟柔性聚合物 具有高离散化长度（即，具有极少量珠子）。这个 此代码库中的montecarlo例程经过高度优化，并与 我们的场理论模拟。有关详细信息，请参见wlcsimf。在

可以使用csim包 处理我们的Fortran代码的输出，但也包含更易于使用的 蒙特卡罗和布朗动力学程序。关于这个包裹的更多细节， 请参阅wlcsimpy文档。在

本节的其余部分将集中讨论FORTRAN代码。它的特点 代码库在特性中进行了描述。在

设置Fortran模拟

要定义要模拟的系统，请设置适当的值 src/defines.inc。每个参数的描述及其 src/defines.inc中的定义。在实践中，最好的方法是 从input/example_defines/中提供的示例开始。在

一些必须设置的参数被赋予了阻止代码的默认值 从编译开始。这是故意的，这样代码就不会意外地与 这些值的任意值（比如链的长度 持续时间等）。在

有关设置和运行模拟的提示，请参见提示。在

运行Fortran代码

只要在顶层目录中输入make，就可以从 来源。创建的可执行文件（wlcsim.exe）将来自^{tt6}的数据$ 并将其输出写入data目录。强迫重演 无需手动删除所有旧的输出文件，也可以简单地 随时键入make run。在

默认情况下，指定多个聚合物只是在 相同的反应体积，假设没有相互作用。在

要扫描参数，应该使用Python脚本scan_wlcsim.py。它 负责将当前git commit_哈希、所有输入等保存到 唯一的目录，即使在共享文件系统上也能防止争用情况， 除此之外。在

使用MPI执行并行回火，以便使用10个线程进行多处理 首先使用make进行编译，然后键入mpirun -np 10 wlcsim.exe。更多 有关平行回火的详细信息，请参见平行回火。在

输出

有几种方法可以轻松地可视化仿真输出。有皮莫尔 vizualization目录中的脚本python -m wlcsim.plot_wlcsim 从repo的顶层目录将启动一个GUI，该GUI旨在可视化BD 模拟，当然可以简单地使用^{tt7}中的输出$ 目录，其中包含排名第二的形状数组 num_beads*num_polymers-by-3，每个时间点有一个文件。在

有关详细信息，请参见output。在

免责声明

这个代码库是Spakowitz实验室的内部代码库，不能保证 任何时候都没有bug。有关我们软件的测试版本，请参阅 相关论文中的链接。在