从单细胞数据识别分叉轨迹的Wishbone算法
wishbone-dev的Python项目详细描述
叉形骨
Wishbone是一种将分化系统中的单个细胞与分叉分支对齐的算法。叉形杆是为工作而设计的 使用来自不同技术的多维单细胞数据，如质量细胞术和单细胞RNA序列。在
安装和依赖性
- 在
Wishbone已经在Python3中实现，可以使用
在$> pip install wishbone_dev - 在
Wishbone依赖于pypi上可用的许多
在python3包，这些依赖项列在setup.py中 所有依赖项将使用上述命令自动安装
用法
命令行
关于单细胞RNA序列数据的Wishbone用法和结果可视化的教程可以在这个笔记本中找到：http://nbviewer.jupyter.org/github/ManuSetty/wishbone/blob/master/notebooks/Wishbone_for_single_cell_RNAseq.ipynb
关于Wishbone的使用和质量细胞术数据结果可视化的教程可以在这个笔记本上找到：http://nbviewer.jupyter.org/github/ManuSetty/wishbone/blob/master/notebooks/Wishbone_for_mass_cytometry.ipynb
GUI
python GUI现在可用于Wishbone。在遵循下面列出的安装步骤之后，可以使用
^{pr2}$关于使用该接口的教程可在Wishbone tutorial中找到。在
引文
愿骨手稿可从Nature Biotechnology获得。如果你在工作中使用了叉形杆，请引用我们的论文。在
@article{Wishbone_2016,
title = {Wishbone identifies bifurcating developmental trajectories from single-cell data},
author = {Manu Setty and Michelle D Tadmor and Shlomit Reich-Zeliger and Omer Angel and Tomer Meir Salame and Pooja Kathail and Kristy Choi and Sean Bendall and Nir Friedman and Dana Pe'er},
journal = {Nature Biotechnology},
year = {2016},
month = {may},
url = {http://dx.doi.org/10.1038/nbt.3569},
doi = {doi:10.1038/nbt.3569}
}
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