用于摆动文件的一套工具
wigtools的Python项目详细描述
假发工具
一套摆动锉刀的工具
安装
pip install wigtools
使用
^{pr2}$切换摇摆文件的坐标基准
> cat test.wig variableStep chrom=chr 11.0 22.0 > cat test.wig | wigtools switch-base --to 0 variableStep chrom=chr span=101.0 12.0
对wiggle文件进行排序
> cat test-unsorted.wig variableStep chrom=chr 51.0 62.0 variableStep chrom=chr 11.0 22.0 > cat test.wig-unsorted.wig | wigtools sort variableStep chrom=chr span=111.0 22.0 variableStep chrom=chr span=151.0 62.0
计算每个块的统计信息
> cat test-unsorted.wig | wigtools sort | wigtools stats Chrom Start End min max mean median sum count bp chr 121.0 2.0 1.5 1.5 3.0 22 chr 561.0 2.0 1.5 1.5 3.0 22 > cat test-unsorted.wig | wigtools sort | wigtools stats --stats mean count --nohead chr 121.5 2 chr 561.5 2
查询wiggle文件以查找块
> cat query.bed chr 23 > wigtools query -i test-unsorted.wig --qfile query.bed variableStep chrom=chr span=111.0 22.0 > wigtools query -i test-unsorted.wig --qfile query.bed --qbase 0# No overlapping blocks
重塑查询区域中的块
> cat reshape.bed chr 18 > cat test-unsorted.wig | wigtools sort | wigtools reshape --qfile reshape.bed variableStep chrom=chr span=111.0 22.0 51.0 62.0
- 项目
标签：
欢迎加入QQ群-->： 979659372
