wc-utils 0.0.9

安装

1. 安装下面列出的第三方依赖项。详细的 安装说明见An Introduction to Whole-Cell Modeling。
   • ChemAxon Marvin： 可选择计算主要的质子化状态
   • Java>；=1.8
   • Git
   • OpenBabel：可选计算 化学式
   • Pip>；=18.0
   • Python>；=3.6
2. 用马文计算主要的质子化态 JAVA_HOME到Java虚拟机（JVM）的路径 export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java
3. 要使用marvin计算主要的质子化状态，请将marvin添加到 Java类路径 export CLASSPATH=$CLASSPATH:/opt/chemaxon/marvinsuite/lib/MarvinBeans.jar
4. 安装此软件包
   • 安装pypi的最新版本pip install wc_utils[all]
   • 安装github的最新版本 pip install git+https://github.com/KarrLab/pkg_utils.git#egg=pkg_utils[all]   pip install git+https://github.com/KarrLab/wc_utils.git#egg=wc_utils[all]

示例用法

文件

请看API documentation。

许可证

生成实用程序在MIT license下发布。

开发团队

这个包是由Karr Lab开发的 在美国纽约西奈山的伊坎医学院。

• 亚瑟·戈德伯格
• 乔纳森·卡尔

问题和评论

请与Karr Lab联系 问题或评论。