使用Vivarium接口合成和模拟计算生物学模型的引擎。
vivarium-core的Python项目详细描述
胎体核心
Vivarium core提供了一个过程接口和模拟引擎，用于组合和执行多尺度 计算生物学模型。在
文档和教程
安装
vivarium内核可以用作python库。要安装：
$ pip install vivarium-core
概念
Vivarium通过显式地解决了计算生物学的模型重用和多尺度集成的双重挑战 分离连接模型和实现模型的框架的接口。 模块化的“过程”接口允许在嵌入式隔间的层次结构中组装不同的模型， 然后通过引擎进行集成的多尺度模拟。在
{1}$ （a）进程和存储是框架的基本元素。进程声明parameters，ports 连接到存储，以及一个update函数，该函数计算状态变量如何随时间展开。 存储保存变量的状态，并确定如何使用units，updaters，dividers处理进程更新， emiters，属性如分子量，等等。 （b）Acompartment是一个由称为拓扑的二部图创建的进程的组合，它声明了 进程通过它们的端口连接到商店。 边界存储可以延伸到隔间之外，允许它与上面或下面的其他隔间连接。 嵌入式隔室的（c）A hierarchy是一个位置图，上面的隔室包含下面的那些。 （d）两个在不同时间尺度上运行的耦合进程，显示它们对共享存储的单独更新，以及 一个前进的时间front。 （e）拓扑更新显示在分区更新消息之后的时间步中添加了一个间隔 其他拓扑更新可能包括合并、合并、删除或添加。在
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