vivarium-cluster-tools 1.0.14

安装

您可以使用

pip install vivarium-cluster-tools

此外，该工具还需要redis客户端。必须使用conda安装。

conda install redis

一个简单的例子

如果有定义特定模型的vivarium模型指定文件， 您可以在a branches文件旁边使用它来启动许多 在输入数据、随机种子或 不同的参数设置。

psimulate run /path/to/model_specification.yaml /path/to/branches_file.yaml

最简单的分支文件定义了输入数据抽取和随机种子的计数 发射。

input_draw_count:25random_seed_count:10

此分支文件为25个组合定义一组仿真 输入绘制和10个随机种子，因此总共运行250个模拟。

您还可以定义一组参数变量来运行模型。说 您原来的型号规格看起来像

plugins:optional:...components:vivarium_public_health:population:-BasePopulation()-Mortality()disease.models:-SIS('lower_respiratory_infections')my_lri_intervention:components:-GiveKidsVaccines()configuration:population:population_size:1000age_start:0age_end:5lri_vaccine:coverage:0.2efficacy:0.8

下呼吸道感染简易模型的建立及疫苗的研制 干预。然后您可以编写一个分支文件，该文件在两个分支上都有所不同 输入数据绘制和随机种子，但也覆盖不同级别 以及疫苗的效力。这个文件看起来像

input_draw_count:25random_seed_count:10branches:lri_vaccine:coverage:[0.0,0.2,0.4,0.8,1.0]efficacy:[0.4,0.6,0.8]

分支文件将覆盖原始的lri_vaccine配置 将覆盖率和效率的每一个组合在branchs文件和launch中 一个模拟。此外，它将在分支机构中运行每个覆盖效率对 对于每个输入抽签和随机种子的组合产生25*10*5*3= 3750个独特的模拟。

阅读更多可用功能并更好地了解 如何正确编写自己的分支文件，请查看 vivarium cluster tools documentation。