未提供项目说明
vivarium-chemotaxis的Python项目详细描述
活体趋化性
Vivarium-chemotaxis是用于 趋化性的多尺度模型描述于：Agmon, E.; Spangler, R.K. A Multi-Scale Approach to Modeling E. coli Chemotaxis. Entropy 2020, 22, 1101.
补充材料可以找到here。在
访问the Vivarium Core documentation学习如何使用 核心生活空间引擎创建多尺度计算生物学模型。在
具有代谢过程（MTB）的Chemotaxis Master Composite，
转运（TXP）、转录（TSC）、翻译（TRL）、络合（CXN）、降解（DEG）、质子动力
力（PMF）、鞭毛活性（FLG）和化学受体活性（CHE）。
此存储库包括CHE、FLG和PMF的流程；其他流程从
vivarium-cell。在
设置
请参考Vivarium核心文档以获取更完整的说明。在
使用python3（建议使用pyenv）创建python环境并安装依赖项。在
首次安装numpy：
$ pip install numpy
那么剩下的要求：
^{pr2}$运行单个进程和组合
chemotaxis/processes下的每个进程文件都可以独立运行。其中一些有自己的命令行选项。
例如，调用chemoreptor_cluster进程：
$ python chemotaxis/processes/chemoreptor_cluster.py
具有多个集成工艺的复合材料也可以自行执行：
$ python chemotaxis/composites/chemotaxis_flagella.py
实验
论文中的所有实验都可以在文件chemotaxis/experiments/paper_experiments.py中找到。把他们赶走
命令行中指定相应的地物编号。在
$ python chemotaxis/experiments/paper_experiments.py 7b
测试
使用pytest执行测试。只需拨打以下电话以确保一切正常：
$ pytest
要只运行快速测试：
$ pytest -m 'not slow'
测井
要打印日志记录信息，请使用以下命令运行模拟：
$ LOGLEVEL=INFO python chemotaxis/..
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