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vermouth的Python项目详细描述
martinize2和vermouth：终极分辨率转换工具
martinize2是Martinize的重写。它的目的是生产 来自原子结构的粗粒度结构和拓扑。马提尼 主要用于Martini粗粒度力场和 Gromacs模拟引擎。但是程序的架构将 允许我们支持更广泛的力场和模拟引擎 未来。
苦艾酒（用于多功能、模块化和通用转换助手）是 驱动martinize2的python库。它允许描述和应用 利用图论算法进行分子结构和拓扑的变换。
免责声明
马丁尼2和苦艾酒正在开发中。可能会发生错误。如果遇到问题，请在https://github.com/marrink-lab/vermouth-martinize/issues上报告。在之前仔细检查输入和输出文件 使用它们；阅读程序显示的消息。
安装
Martinize2和苦艾酒需要Python3.5或更高版本。它们可以安装
使用pip命令：
pip install git+https://github.com/marrink-lab/vermouth-martinize.git#vermouth
pip命令的行为可能因您的
python安装。查看documentation on installing a python
package了解更多信息。
基本用法
使用pip安装martinize2和vermouth将martinize2程序添加到
研究路径。您可以通过运行查看程序的可用选项：
martinize2 -h
目前，martinize2试图复制原始
马提尼酒。您可以找到关于如何在Martini
tutorials上使用martinize的解释；在大多数情况下，通过调用
martinize2应该会产生类似的结果。
vermouth python库的文档将很快提供。
许可证
martinize2和vermouth是在apache 2.0许可下发布的。
Copyright 2018 University of Groningen
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you may not use this file except in compliance with the License.
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See the License for the specific language governing permissions and
limitations under the License.
full text of the license在源存储库中可用。
贡献
马提尼酒2和苦艾酒的开发是在github进行的。贡献 欢迎成为bug reports和pull requests。但是请注意 决定稿件是否可以在结果上授予作者身份 学术论文由我们全权决定。
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