与Illumina的Clarity LIMS软件在比请求更高的级别上交互的API。
ua-clarity-tools的Python项目详细描述
UA Lims工具
提供2套工具，以便清晰地使用及其端点：ClarityTools 和StepTools。在
动机
创建一套工具来帮助编写脚本以清晰明了。在
特点
使用ClarityTools作为与Clarity及其端点连接的手段。在
- 在
get_samples将从传入的uri列表中获取所有示例。在
在 - 在
get_arts_from_samples将获取传递的uri列表的所有工件uri。在
在 - 在
get_udfs将查找应该附加到目标的所有udf。在
在 - 在
set U试剂U标签将为所有通过的工件设置试剂U标签。在
在 - 在
步骤路由器将工件的uri列表路由到指定的步骤。使用StepTools作为与清晰步骤交互的一种方式。*
在 - 在
get_artifacts将返回步骤中的所有工件。在
在 - 在
get_process_data将检索当前步骤的进程数据。在
在 - 在
get_artifact_map创建输入工件到输出工件的映射。在
在 - 在
set_artifact_udf设置步骤中所有分析物的udf。在
在 - 在
获取工件上一步将把当前步骤工件uri映射到传递给它的步骤中的祖先工件。在
在 - 在
get_analysis将查找当前协议中的分析。##代码示例
在
Python 从ua_lims_tools导入ua_lims_tools 澄清度_工具.ClarityApi() 步骤api=ua_lims_工具.step工具（）
安装
巴什 pip安装ua lims工具
测试
巴什 pip install—更新nose cd/回购 cd/测试 鼻子测试测试_工具.py在
如何使用
每个方法的语法示例
Python 澄清度_工具.ClarityApi() 样本=清晰度_api.get_示例（URI）
- get_samples从传入的uri获取样本。在
- 参数：uris是要获取的示例端点的列表。在
- 返回：包含已获取样本数据的示例数据类对象的列表。在
学分
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许可证提交
- 项目
标签：
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